Reverse Engineering Sparse Gene Regulatory Networks Using Cubature Kalman Filter and Compressed Sensing
المؤلفون المشاركون
Nounou, Hazem N.
Noor, Amina
Serpedin, Erchin
Nounou, Mohamed N.
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-05-08
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
This paper proposes a novel algorithm for inferring gene regulatory networks which makes use of cubature Kalman filter (CKF) and Kalman filter (KF) techniques in conjunction with compressed sensing methods.
The gene network is described using a state-space model.
A nonlinear model for the evolution of gene expression is considered, while the gene expression data is assumed to follow a linear Gaussian model.
The hidden states are estimated using CKF.
The system parameters are modeled as a Gauss-Markov process and are estimated using compressed sensing-based KF.
These parameters provide insight into the regulatory relations among the genes.
The Cramér-Rao lower bound of the parameter estimates is calculated for the system model and used as a benchmark to assess the estimation accuracy.
The proposed algorithm is evaluated rigorously using synthetic data in different scenarios which include different number of genes and varying number of sample points.
In addition, the algorithm is tested on the DREAM4 in silico data sets as well as the in vivo data sets from IRMA network.
The proposed algorithm shows superior performance in terms of accuracy, robustness, and scalability.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Noor, Amina& Serpedin, Erchin& Nounou, Mohamed N.& Nounou, Hazem N.. 2013. Reverse Engineering Sparse Gene Regulatory Networks Using Cubature Kalman Filter and Compressed Sensing. Advances in Bioinformatics،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-454375
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Noor, Amina…[et al.]. Reverse Engineering Sparse Gene Regulatory Networks Using Cubature Kalman Filter and Compressed Sensing. Advances in Bioinformatics No. 2013 (2013), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-454375
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Noor, Amina& Serpedin, Erchin& Nounou, Mohamed N.& Nounou, Hazem N.. Reverse Engineering Sparse Gene Regulatory Networks Using Cubature Kalman Filter and Compressed Sensing. Advances in Bioinformatics. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-454375
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-454375
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر