A Growth Curve Model with Fractional Polynomials for Analysing Incomplete Time-Course Data in Microarray Gene Expression Studies
المؤلفون المشاركون
Kruse, Torben A.
Petersen, Thomas K.
Tan, Qihua
Clemmensen, Anders
Hjelmborg, Jacob v. B.
Andersen, Klaus Ejner
McGue, Matthew
Thomassen, Mads
Christensen, Kaare
المصدر
العدد
المجلد 2011، العدد 2011 (31 ديسمبر/كانون الأول 2011)، ص ص. 1-6، 6ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2011-09-27
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
6
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Identifying the various gene expression response patterns is a challenging issue in expression microarray time-course experiments.
Due to heterogeneity in the regulatory reaction among thousands of genes tested, it is impossible to manually characterize a parametric form for each of the time-course pattern in a gene by gene manner.
We introduce a growth curve model with fractional polynomials to automatically capture the various time-dependent expression patterns and meanwhile efficiently handle missing values due to incomplete observations.
For each gene, our procedure compares the performances among fractional polynomial models with power terms from a set of fixed values that offer a wide range of curve shapes and suggests a best fitting model.
After a limited simulation study, the model has been applied to our human in vivo irritated epidermis data with missing observations to investigate time-dependent transcriptional responses to a chemical irritant.
Our method was able to identify the various nonlinear time-course expression trajectories.
The integration of growth curves with fractional polynomials provides a flexible way to model different time-course patterns together with model selection and significant gene identification strategies that can be applied in microarray-based time-course gene expression experiments with missing observations.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Tan, Qihua& Thomassen, Mads& Hjelmborg, Jacob v. B.& Clemmensen, Anders& Andersen, Klaus Ejner& Petersen, Thomas K.…[et al.]. 2011. A Growth Curve Model with Fractional Polynomials for Analysing Incomplete Time-Course Data in Microarray Gene Expression Studies. Advances in Bioinformatics،Vol. 2011, no. 2011, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-458365
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Tan, Qihua…[et al.]. A Growth Curve Model with Fractional Polynomials for Analysing Incomplete Time-Course Data in Microarray Gene Expression Studies. Advances in Bioinformatics No. 2011 (2011), pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-458365
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Tan, Qihua& Thomassen, Mads& Hjelmborg, Jacob v. B.& Clemmensen, Anders& Andersen, Klaus Ejner& Petersen, Thomas K.…[et al.]. A Growth Curve Model with Fractional Polynomials for Analysing Incomplete Time-Course Data in Microarray Gene Expression Studies. Advances in Bioinformatics. 2011. Vol. 2011, no. 2011, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-458365
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-458365
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر