Comparison between Normalised and Unnormalised 454-Sequencing Libraries for Small-Scale RNA-Seq Studies
المؤلفون المشاركون
Birkhead, Tim
Ekblom, Robert
Horsburgh, Gavin J.
Slate, Jon
Burke, Terry
المصدر
Comparative and Functional Genomics
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-8، 8ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-01-26
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
8
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Next-generation sequencing of transcriptomes (RNA-Seq) is being used increasingly in studies of nonmodel organisms.
Here, we evaluate the effectiveness of normalising cDNA libraries prior to sequencing in a small-scale study of the zebra finch.
We find that assemblies produced from normalised libraries had a larger number of contigs but used fewer reads compared to unnormalised libraries.
Considerably more genes were also detected using the contigs produced from normalised cDNA, and microsatellite discovery was up to 73% more efficient in these.
There was a positive correlation between the detected expression level of genes in normalised and unnormalised cDNA, and there was no difference in the number of genes identified as being differentially expressed between blood and spleen for the normalised and unnormalised libraries.
We conclude that normalised cDNA libraries are preferable for many applications of RNA-Seq and that these can also be used in quantitative gene expression studies.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Ekblom, Robert& Slate, Jon& Horsburgh, Gavin J.& Birkhead, Tim& Burke, Terry. 2012. Comparison between Normalised and Unnormalised 454-Sequencing Libraries for Small-Scale RNA-Seq Studies. Comparative and Functional Genomics،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-460031
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Ekblom, Robert…[et al.]. Comparison between Normalised and Unnormalised 454-Sequencing Libraries for Small-Scale RNA-Seq Studies. Comparative and Functional Genomics No. 2012 (2012), pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-460031
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Ekblom, Robert& Slate, Jon& Horsburgh, Gavin J.& Birkhead, Tim& Burke, Terry. Comparison between Normalised and Unnormalised 454-Sequencing Libraries for Small-Scale RNA-Seq Studies. Comparative and Functional Genomics. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-460031
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-460031
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر