TF2LncRNA : Identifying Common Transcription Factors for a List of lncRNA Genes from ChIP-Seq Data
المؤلفون المشاركون
Wu, Xiaoliang
Wang, Jixuan
Wang, Yadong
Jiang, Qinghua
Ma, Rui
Li, Yu
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-5، 5ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-03-04
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
5
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
High-throughput genomic technologies like lncRNA microarray and RNA-Seq often generate a set of lncRNAs of interest, yet little is known about the transcriptional regulation of the set of lncRNA genes.
Here, based on ChIP-Seq peak lists of transcription factors (TFs) from ENCODE and annotated human lncRNAs from GENCODE, we developed a web-based interface titled “TF2lncRNA,” where TF peaks from each ChIP-Seq experiment are crossed with the genomic coordinates of a set of input lncRNAs, to identify which TFs present a statistically significant number of binding sites (peaks) within the regulatory region of the input lncRNA genes.
The input can be a set of coexpressed lncRNA genes or any other cluster of lncRNA genes.
Users can thus infer which TFs are likely to be common transcription regulators of the set of lncRNAs.
In addition, users can retrieve all lncRNAs potentially regulated by a specific TF in a specific cell line of interest or retrieve all TFs that have one or more binding sites in the regulatory region of a given lncRNA in the specific cell line.
TF2LncRNA is an efficient and easy-to-use web-based tool.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Jiang, Qinghua& Wang, Jixuan& Wang, Yadong& Ma, Rui& Wu, Xiaoliang& Li, Yu. 2014. TF2LncRNA : Identifying Common Transcription Factors for a List of lncRNA Genes from ChIP-Seq Data. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463029
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Jiang, Qinghua…[et al.]. TF2LncRNA : Identifying Common Transcription Factors for a List of lncRNA Genes from ChIP-Seq Data. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463029
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Jiang, Qinghua& Wang, Jixuan& Wang, Yadong& Ma, Rui& Wu, Xiaoliang& Li, Yu. TF2LncRNA : Identifying Common Transcription Factors for a List of lncRNA Genes from ChIP-Seq Data. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463029
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-463029
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر