![](/images/graphics-bg.png)
Comparative Metagenomic Analysis of Human Gut Microbiome Composition Using Two Different Bioinformatic Pipelines
المؤلفون المشاركون
D’Argenio, Valeria
Precone, Vincenza
Casaburi, Giorgio
Salvatore, Francesco
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-02-25
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Technological advances in next-generation sequencing-based approaches have greatly impacted the analysis of microbial community composition.
In particular, 16S rRNA-based methods have been widely used to analyze the whole set of bacteria present in a target environment.
As a consequence, several specific bioinformatic pipelines have been developed to manage these data.
MetaGenome Rapid Annotation using Subsystem Technology (MG-RAST) and Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME) are two freely available tools for metagenomic analyses that have been used in a wide range of studies.
Here, we report the comparative analysis of the same dataset with both QIIME and MG-RAST in order to evaluate their accuracy in taxonomic assignment and in diversity analysis.
We found that taxonomic assignment was more accurate with QIIME which, at family level, assigned a significantly higher number of reads.
Thus, QIIME generated a more accurate BIOM file, which in turn improved the diversity analysis output.
Finally, although informatics skills are needed to install QIIME, it offers a wide range of metrics that are useful for downstream applications and, not less important, it is not dependent on server times.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
D’Argenio, Valeria& Casaburi, Giorgio& Precone, Vincenza& Salvatore, Francesco. 2014. Comparative Metagenomic Analysis of Human Gut Microbiome Composition Using Two Different Bioinformatic Pipelines. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463632
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
D’Argenio, Valeria…[et al.]. Comparative Metagenomic Analysis of Human Gut Microbiome Composition Using Two Different Bioinformatic Pipelines. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463632
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
D’Argenio, Valeria& Casaburi, Giorgio& Precone, Vincenza& Salvatore, Francesco. Comparative Metagenomic Analysis of Human Gut Microbiome Composition Using Two Different Bioinformatic Pipelines. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463632
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-463632
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)