An Infrastructure to Mine Molecular Descriptors for Ligand Selection on Virtual Screening
المؤلفون المشاركون
Seus, Vinicius Rosa
Perazzo, Giovanni Xavier
Winck, Ana T.
Werhli, Adriano V.
Machado, Karina S.
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-04-09
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The receptor-ligand interaction evaluation is one important step in rational drug design.
The databases that provide the structures of the ligands are growing on a daily basis.
This makes it impossible to test all the ligands for a target receptor.
Hence, a ligand selection before testing the ligands is needed.
One possible approach is to evaluate a set of molecular descriptors.
With the aim of describing the characteristics of promising compounds for a specific receptor we introduce a data warehouse-based infrastructure to mine molecular descriptors for virtual screening (VS).
We performed experiments that consider as target the receptor HIV-1 protease and different compounds for this protein.
A set of 9 molecular descriptors are taken as the predictive attributes and the free energy of binding is taken as a target attribute.
By applying the J48 algorithm over the data we obtain decision tree models that achieved up to 84% of accuracy.
The models indicate which molecular descriptors and their respective values are relevant to influence good FEB results.
Using their rules we performed ligand selection on ZINC database.
Our results show important reduction in ligands selection to be applied in VS experiments; for instance, the best selection model picked only 0.21% of the total amount of drug-like ligands.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Seus, Vinicius Rosa& Perazzo, Giovanni Xavier& Winck, Ana T.& Werhli, Adriano V.& Machado, Karina S.. 2014. An Infrastructure to Mine Molecular Descriptors for Ligand Selection on Virtual Screening. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463694
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Seus, Vinicius Rosa…[et al.]. An Infrastructure to Mine Molecular Descriptors for Ligand Selection on Virtual Screening. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463694
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Seus, Vinicius Rosa& Perazzo, Giovanni Xavier& Winck, Ana T.& Werhli, Adriano V.& Machado, Karina S.. An Infrastructure to Mine Molecular Descriptors for Ligand Selection on Virtual Screening. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-463694
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-463694
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر