Mixed Sequence Reader : A Program for Analyzing DNA Sequences with Heterozygous Base Calling
المؤلفون المشاركون
Lee, Yun-Shien
Tsai, Chi-Neu
Tsai, Chia-Lung
Chang, Chun-Tien
Wang, Tzu-Hao
Chen, Chun-Houh
Lian, Jang-Hau
Chao, Angel
Lai, Chyong-Huey
Tang, Chuan Yi
Hu, Chi-Yu
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-06-18
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الطب البشري
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الملخص EN
The direct sequencing of PCR products generates heterozygous base-calling fluorescence chromatograms that are useful for identifying single-nucleotide polymorphisms (SNPs), insertion-deletions (indels), short tandem repeats (STRs), and paralogous genes.
Indels and STRs can be easily detected using the currently available Indelligent or ShiftDetector programs, which do not search reference sequences.
However, the detection of other genomic variants remains a challenge due to the lack of appropriate tools for heterozygous base-calling fluorescence chromatogram data analysis.
In this study, we developed a free web-based program, Mixed Sequence Reader (MSR), which can directly analyze heterozygous base-calling fluorescence chromatogram data in .abi file format using comparisons with reference sequences.
The heterozygous sequences are identified as two distinct sequences and aligned with reference sequences.
Our results showed that MSR may be used to (i) physically locate indel and STR sequences and determine STR copy number by searching NCBI reference sequences; (ii) predict combinations of microsatellite patterns using the Federal Bureau of Investigation Combined DNA Index System (CODIS); (iii) determine human papilloma virus (HPV) genotypes by searching current viral databases in cases of double infections; (iv) estimate the copy number of paralogous genes, such as β-defensin 4 (DEFB4) and its paralog HSPDP3.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Chang, Chun-Tien& Tsai, Chi-Neu& Tang, Chuan Yi& Chen, Chun-Houh& Lian, Jang-Hau& Hu, Chi-Yu…[et al.]. 2012. Mixed Sequence Reader : A Program for Analyzing DNA Sequences with Heterozygous Base Calling. The Scientific World Journal،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-466218
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Chang, Chun-Tien…[et al.]. Mixed Sequence Reader : A Program for Analyzing DNA Sequences with Heterozygous Base Calling. The Scientific World Journal No. 2012 (2012), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-466218
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Chang, Chun-Tien& Tsai, Chi-Neu& Tang, Chuan Yi& Chen, Chun-Houh& Lian, Jang-Hau& Hu, Chi-Yu…[et al.]. Mixed Sequence Reader : A Program for Analyzing DNA Sequences with Heterozygous Base Calling. The Scientific World Journal. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-466218
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-466218
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر