Family-Specific Degenerate Primer Design : A Tool to Design Consensus Degenerated Oligonucleotides
المؤلفون المشاركون
Iserte, Javier Alonso
Ghiringhelli, Pablo Daniel
Lozano, Mario Enrique
Goñi, Sandra Elizabeth
Borio, Cristina Silvia
Stephan, Betina Ines
المصدر
Biotechnology Research International
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-02-21
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الملخص EN
Designing degenerate PCR primers for templates of unknown nucleotide sequence may be a very difficult task.
In this paper, we present a new method to design degenerate primers, implemented in family-specific degenerate primer design (FAS-DPD) computer software, for which the starting point is a multiple alignment of related amino acids or nucleotide sequences.
To assess their efficiency, four different genome collections were used, covering a wide range of genomic lengths: Arenavirus (10×104 nucleotides), Baculovirus (0.9×105 to 1.8×105 bp), Lactobacillus sp.
(1×106 to 2×106 bp), and Pseudomonas sp.
(4×106 to 7×106 bp).
In each case, FAS-DPD designed primers were tested computationally to measure specificity.
Designed primers for Arenavirus and Baculovirus were tested experimentally.
The method presented here is useful for designing degenerate primers on collections of related protein sequences, allowing detection of new family members.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Iserte, Javier Alonso& Stephan, Betina Ines& Goñi, Sandra Elizabeth& Borio, Cristina Silvia& Ghiringhelli, Pablo Daniel& Lozano, Mario Enrique. 2013. Family-Specific Degenerate Primer Design : A Tool to Design Consensus Degenerated Oligonucleotides. Biotechnology Research International،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-467779
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Iserte, Javier Alonso…[et al.]. Family-Specific Degenerate Primer Design : A Tool to Design Consensus Degenerated Oligonucleotides. Biotechnology Research International No. 2013 (2013), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-467779
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Iserte, Javier Alonso& Stephan, Betina Ines& Goñi, Sandra Elizabeth& Borio, Cristina Silvia& Ghiringhelli, Pablo Daniel& Lozano, Mario Enrique. Family-Specific Degenerate Primer Design : A Tool to Design Consensus Degenerated Oligonucleotides. Biotechnology Research International. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-467779
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-467779
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر