![](/images/graphics-bg.png)
Toward Structure Prediction for Short Peptides Using the Improved SAAP Force Field Parameters
المؤلفون المشاركون
Shimosato, Taku
Dedachi, Kenichi
Iwaoka, Michio
Minezaki, Toshiya
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-13، 13ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-02-28
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
13
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Based on the observation that Ramachandran-type potential energy surfaces of single amino acid units in water are in good agreement with statistical structures of the corresponding amino acid residues in proteins, we recently developed a new all-atom force field called SAAP, in which the total energy function for a polypeptide is expressed basically as a sum of single amino acid potentials (ESAAP) and electrostatic (EES) and Lennard-Jones (ELJ) potentials between the amino acid units.
In this study, the SAAP force field (SAAPFF) parameters were improved, and classical canonical Monte Carlo (MC) simulation was carried out for short peptide models, that is, Met-enkephalin and chignolin, at 300 K in an implicit water model.
Diverse structures were reasonably obtained for Met-enkephalin, while three folded structures, one of which corresponds to a native-like structure with three native hydrogen bonds, were obtained for chignolin.
The results suggested that the SAAP-MC method is useful for conformational sampling for the short peptides.
A protocol of SAAP-MC simulation followed by structural clustering and examination of the obtained structures by ab initio calculation or simply by the number of the hydrogen bonds (or the hardness) was demonstrated to be an effective strategy toward structure prediction for short peptide molecules.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Dedachi, Kenichi& Shimosato, Taku& Minezaki, Toshiya& Iwaoka, Michio. 2013. Toward Structure Prediction for Short Peptides Using the Improved SAAP Force Field Parameters. Journal of Chemistry،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-469728
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Dedachi, Kenichi…[et al.]. Toward Structure Prediction for Short Peptides Using the Improved SAAP Force Field Parameters. Journal of Chemistry No. 2013 (2013), pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-469728
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Dedachi, Kenichi& Shimosato, Taku& Minezaki, Toshiya& Iwaoka, Michio. Toward Structure Prediction for Short Peptides Using the Improved SAAP Force Field Parameters. Journal of Chemistry. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-469728
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-469728
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)