![](/images/graphics-bg.png)
Sequence Comparison Alignment-Free Approach Based on Suffix Tree and L-Words Frequency
المؤلفون المشاركون
Amorim, António
Soares, Inês
Goios, Ana
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-4، 4ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-09-10
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
4
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الطب البشري
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الملخص EN
The vast majority of methods available for sequence comparison rely on a first sequence alignment step, which requires a number of assumptions on evolutionary history and is sometimes very difficult or impossible to perform due to the abundance of gaps (insertions/deletions).
In such cases, an alternative alignment-free method would prove valuable.
Our method starts by a computation of a generalized suffix tree of all sequences, which is completed in linear time.
Using this tree, the frequency of all possible words with a preset length L—L-words—in each sequence is rapidly calculated.
Based on the L-words frequency profile of each sequence, a pairwise standard Euclidean distance is then computed producing a symmetric genetic distance matrix, which can be used to generate a neighbor joining dendrogram or a multidimensional scaling graph.
We present an improvement to word counting alignment-free approaches for sequence comparison, by determining a single optimal word length and combining suffix tree structures to the word counting tasks.
Our approach is, thus, a fast and simple application that proved to be efficient and powerful when applied to mitochondrial genomes.
The algorithm was implemented in Python language and is freely available on the web.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Soares, Inês& Goios, Ana& Amorim, António. 2012. Sequence Comparison Alignment-Free Approach Based on Suffix Tree and L-Words Frequency. The Scientific World Journal،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-4.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-472498
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Soares, Inês…[et al.]. Sequence Comparison Alignment-Free Approach Based on Suffix Tree and L-Words Frequency. The Scientific World Journal No. 2012 (2012), pp.1-4.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-472498
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Soares, Inês& Goios, Ana& Amorim, António. Sequence Comparison Alignment-Free Approach Based on Suffix Tree and L-Words Frequency. The Scientific World Journal. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-4.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-472498
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-472498
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)