A Comparative Study of the Impact of G-Stack Probes on Various Affymetrix GeneChips of Mammalia
المؤلفون المشاركون
Harrison, Andrew P.
Memon, Farhat Naureen
Upton, Graham J. G.
المصدر
العدد
المجلد 2010، العدد 2010 (31 ديسمبر/كانون الأول 2010)، ص ص. 1-6، 6ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2010-07-07
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
6
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
We have previously discovered that probes containing runs of four or more contiguous guanines are not reliable for measuring gene expression in the Human HG_U133A Affymetrix GeneChip data.
These probes are not correlated with other members of their probe set, but they are correlated with each other.
We now extend our analysis to different 3′ GeneChip designs of mouse, rat, and human.
We find that, in all these chip designs, the G-stack probes (probes with a run of exactly four consecutive guanines) are correlated highly with each other, indicating that such probes are not reliable measures of gene expression in mammalian studies.
Furthermore, there is no specific position of G-stack where the correlation is highest in all the chips.
We also find that the latest designs of rat and mouse chips have significantly fewer G-stack probes compared to their predecessors, whereas there has not been a similar reduction in G-stack density across the changes in human chips.
Moreover, we find significant changes in RMA values (after removing G-stack probes) as the number of G-stack probes increases.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Memon, Farhat Naureen& Upton, Graham J. G.& Harrison, Andrew P.. 2010. A Comparative Study of the Impact of G-Stack Probes on Various Affymetrix GeneChips of Mammalia. Journal of Nucleic Acids،Vol. 2010, no. 2010, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-475702
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Memon, Farhat Naureen…[et al.]. A Comparative Study of the Impact of G-Stack Probes on Various Affymetrix GeneChips of Mammalia. Journal of Nucleic Acids No. 2010 (2010), pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-475702
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Memon, Farhat Naureen& Upton, Graham J. G.& Harrison, Andrew P.. A Comparative Study of the Impact of G-Stack Probes on Various Affymetrix GeneChips of Mammalia. Journal of Nucleic Acids. 2010. Vol. 2010, no. 2010, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-475702
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-475702
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر