Identification of DNA-Binding Proteins Using Support Vector Machine with Sequence Information
المؤلفون المشاركون
Wu, Jiansheng
Ma, Xin
Xue, Xiaoyun
المصدر
Computational and Mathematical Methods in Medicine
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-8، 8ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-09-16
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
8
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
DNA-binding proteins are fundamentally important in understanding cellular processes.
Thus, the identification of DNA-binding proteins has the particularly important practical application in various fields, such as drug design.
We have proposed a novel approach method for predicting DNA-binding proteins using only sequence information.
The prediction model developed in this study is constructed by support vector machine-sequential minimal optimization (SVM-SMO) algorithm in conjunction with a hybrid feature.
The hybrid feature is incorporating evolutionary information feature, physicochemical property feature, and two novel attributes.
These two attributes use DNA-binding residues and nonbinding residues in a query protein to obtain DNA-binding propensity and nonbinding propensity.
The results demonstrate that our SVM-SMO model achieves 0.67 Matthew's correlation coefficient (MCC) and 89.6% overall accuracy with 88.4% sensitivity and 90.8% specificity, respectively.
Performance comparisons on various features indicate that two novel attributes contribute to the performance improvement.
In addition, our SVM-SMO model achieves the best performance than state-of-the-art methods on independent test dataset.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Ma, Xin& Wu, Jiansheng& Xue, Xiaoyun. 2013. Identification of DNA-Binding Proteins Using Support Vector Machine with Sequence Information. Computational and Mathematical Methods in Medicine،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-478530
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Ma, Xin…[et al.]. Identification of DNA-Binding Proteins Using Support Vector Machine with Sequence Information. Computational and Mathematical Methods in Medicine No. 2013 (2013), pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-478530
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Ma, Xin& Wu, Jiansheng& Xue, Xiaoyun. Identification of DNA-Binding Proteins Using Support Vector Machine with Sequence Information. Computational and Mathematical Methods in Medicine. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-8.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-478530
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-478530
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر