![](/images/graphics-bg.png)
Sequence Alignment Tools : One Parallel Pattern to Rule Them All?
المؤلفون المشاركون
Misale, Claudia
Torquati, Massimo
Ferrero, Giulio
Aldinucci, Marco
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-07-24
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
In this paper, we advocate high-level programming methodology for next generation sequencers (NGS) alignment tools for both productivity and absolute performance.
We analyse the problem of parallel alignment and review the parallelisation strategies of the most popular alignment tools, which can all be abstracted to a single parallel paradigm.
We compare these tools to their porting onto the FastFlow pattern-based programming framework, which provides programmers with high-level parallel patterns.
By using a high-level approach, programmers are liberated from all complex aspects of parallel programming, such as synchronisation protocols, and task scheduling, gaining more possibility for seamless performance tuning.
In this work, we show some use cases in which, by using a high-level approach for parallelising NGS tools, it is possible to obtain comparable or even better absolute performance for all used datasets.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Misale, Claudia& Ferrero, Giulio& Torquati, Massimo& Aldinucci, Marco. 2014. Sequence Alignment Tools : One Parallel Pattern to Rule Them All?. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-479802
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Misale, Claudia…[et al.]. Sequence Alignment Tools : One Parallel Pattern to Rule Them All?. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-479802
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Misale, Claudia& Ferrero, Giulio& Torquati, Massimo& Aldinucci, Marco. Sequence Alignment Tools : One Parallel Pattern to Rule Them All?. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-479802
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-479802
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)