![](/images/graphics-bg.png)
A Combined MPI-CUDA Parallel Solution of Linear and Nonlinear Poisson-Boltzmann Equation
المؤلفون المشاركون
Clematis, Andrea
Colmenares, José
Galizia, Antonella
Ortiz, Jesús
Rocchia, Walter
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-06-12
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The Poisson-Boltzmann equation models the electrostatic potential generated by fixed charges on a polarizable solute immersed in an ionic solution.
This approach is often used in computational structural biology to estimate the electrostatic energetic component of the assembly of molecular biological systems.
In the last decades, the amount of data concerning proteins and other biological macromolecules has remarkably increased.
To fruitfully exploit these data, a huge computational power is needed as well as software tools capable of exploiting it.
It is therefore necessary to move towards high performance computing and to develop proper parallel implementations of already existing and of novel algorithms.
Nowadays, workstations can provide an amazing computational power: up to 10 TFLOPS on a single machine equipped with multiple CPUs and accelerators such as Intel Xeon Phi or GPU devices.
The actual obstacle to the full exploitation of modern heterogeneous resources is efficient parallel coding and porting of software on such architectures.
In this paper, we propose the implementation of a full Poisson-Boltzmann solver based on a finite-difference scheme using different and combined parallel schemes and in particular a mixed MPI-CUDA implementation.
Results show great speedups when using the two schemes, achieving an 18.9x speedup using three GPUs.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Colmenares, José& Galizia, Antonella& Ortiz, Jesús& Clematis, Andrea& Rocchia, Walter. 2014. A Combined MPI-CUDA Parallel Solution of Linear and Nonlinear Poisson-Boltzmann Equation. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-480830
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Colmenares, José…[et al.]. A Combined MPI-CUDA Parallel Solution of Linear and Nonlinear Poisson-Boltzmann Equation. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-480830
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Colmenares, José& Galizia, Antonella& Ortiz, Jesús& Clematis, Andrea& Rocchia, Walter. A Combined MPI-CUDA Parallel Solution of Linear and Nonlinear Poisson-Boltzmann Equation. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-480830
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-480830
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)