![](/images/graphics-bg.png)
An Efficient Parallel Algorithm for Multiple Sequence Similarities Calculation Using a Low Complexity Method
المؤلفون المشاركون
Valêncio, Carlo R.
de Souza, Rogeria C. G.
Shiyou, Yang
Momente, Julio C.
Pinto, Alex R.
Marucci, Evandro A.
Zafalon, Geraldo F. D.
Neves, Leandro A.
Machado, José M.
Cansian, Adriano M.
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-6، 6ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-07-22
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
6
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
With the advance of genomic researches, the number of sequences involved in comparative methods has grown immensely.
Among them, there are methods for similarities calculation, which are used by many bioinformatics applications.
Due the huge amount of data, the union of low complexity methods with the use of parallel computing is becoming desirable.
The k-mers counting is a very efficient method with good biological results.
In this work, the development of a parallel algorithm for multiple sequence similarities calculation using the k-mers counting method is proposed.
Tests show that the algorithm presents a very good scalability and a nearly linear speedup.
For 14 nodes was obtained 12x speedup.
This algorithm can be used in the parallelization of some multiple sequence alignment tools, such as MAFFT and MUSCLE.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Marucci, Evandro A.& Zafalon, Geraldo F. D.& Momente, Julio C.& Neves, Leandro A.& Valêncio, Carlo R.& Pinto, Alex R.…[et al.]. 2014. An Efficient Parallel Algorithm for Multiple Sequence Similarities Calculation Using a Low Complexity Method. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-481008
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Marucci, Evandro A.…[et al.]. An Efficient Parallel Algorithm for Multiple Sequence Similarities Calculation Using a Low Complexity Method. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-481008
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Marucci, Evandro A.& Zafalon, Geraldo F. D.& Momente, Julio C.& Neves, Leandro A.& Valêncio, Carlo R.& Pinto, Alex R.…[et al.]. An Efficient Parallel Algorithm for Multiple Sequence Similarities Calculation Using a Low Complexity Method. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-481008
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-481008
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)