OpenMebius : An Open Source Software for Isotopically Nonstationary 13C-Based Metabolic Flux Analysis
المؤلفون المشاركون
Furusawa, Chikara
Shimizu, Hiroshi
Kajihata, Shuichi
Matsuda, Fumio
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-06-11
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The in vivo measurement of metabolic flux by 13C-based metabolic flux analysis (13C-MFA) provides valuable information regarding cell physiology.
Bioinformatics tools have been developed to estimate metabolic flux distributions from the results of tracer isotopic labeling experiments using a 13C-labeled carbon source.
Metabolic flux is determined by nonlinear fitting of a metabolic model to the isotopic labeling enrichment of intracellular metabolites measured by mass spectrometry.
Whereas 13C-MFA is conventionally performed under isotopically constant conditions, isotopically nonstationary 13C metabolic flux analysis (INST-13C-MFA) has recently been developed for flux analysis of cells with photosynthetic activity and cells at a quasi-steady metabolic state (e.g., primary cells or microorganisms under stationary phase).
Here, the development of a novel open source software for INST-13C-MFA on the Windows platform is reported.
OpenMebius (Open source software for Metabolic flux analysis) provides the function of autogenerating metabolic models for simulating isotopic labeling enrichment from a user-defined configuration worksheet.
Analysis using simulated data demonstrated the applicability of OpenMebius for INST-13C-MFA.
Confidence intervals determined by INST-13C-MFA were less than those determined by conventional methods, indicating the potential of INST-13C-MFA for precise metabolic flux analysis.
OpenMebius is the open source software for the general application of INST-13C-MFA.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Kajihata, Shuichi& Furusawa, Chikara& Matsuda, Fumio& Shimizu, Hiroshi. 2014. OpenMebius : An Open Source Software for Isotopically Nonstationary 13C-Based Metabolic Flux Analysis. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-486244
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Kajihata, Shuichi…[et al.]. OpenMebius : An Open Source Software for Isotopically Nonstationary 13C-Based Metabolic Flux Analysis. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-486244
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Kajihata, Shuichi& Furusawa, Chikara& Matsuda, Fumio& Shimizu, Hiroshi. OpenMebius : An Open Source Software for Isotopically Nonstationary 13C-Based Metabolic Flux Analysis. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-486244
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-486244
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر