Global Alignment of Pairwise Protein Interaction Networks for Maximal Common Conserved Patterns
المؤلفون المشاركون
Samatova, Nagiza F.
Tian, Wenhong
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-03-27
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
A number of tools for the alignment of protein-protein interaction (PPI) networks have laid the foundation for PPI network analysis.
Most of alignment tools focus on finding conserved interaction regions across the PPI networks through either local or global mapping of similar sequences.
Researchers are still trying to improve the speed, scalability, and accuracy of network alignment.
In view of this, we introduce a connected-components based fast algorithm, HopeMap, for network alignment.
Observing that the size of true orthologs across species is small comparing to the total number of proteins in all species, we take a different approach based on a precompiled list of homologs identified by KO terms.
Applying this approach to S.
cerevisiae (yeast) and D.
melanogaster (fly), E.
coli K12 and S.
typhimurium, E.
coli K12 and C.
crescenttus, we analyze all clusters identified in the alignment.
The results are evaluated through up-to-date known gene annotations, gene ontology (GO), and KEGG ortholog groups (KO).
Comparing to existing tools, our approach is fast with linear computational cost, highly accurate in terms of KO and GO terms specificity and sensitivity, and can be extended to multiple alignments easily.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Tian, Wenhong& Samatova, Nagiza F.. 2013. Global Alignment of Pairwise Protein Interaction Networks for Maximal Common Conserved Patterns. International Journal of Genomics،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489137
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Tian, Wenhong& Samatova, Nagiza F.. Global Alignment of Pairwise Protein Interaction Networks for Maximal Common Conserved Patterns. International Journal of Genomics No. 2013 (2013), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489137
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Tian, Wenhong& Samatova, Nagiza F.. Global Alignment of Pairwise Protein Interaction Networks for Maximal Common Conserved Patterns. International Journal of Genomics. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489137
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-489137
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر