A Scaffold Analysis Tool Using Mate-Pair Information in Genome Sequencing
المؤلفون المشاركون
Cho, Hwan-Gue
Kim, Pan-Gyu
Park, Kiejung
المصدر
Journal of Biomedicine and Biotechnology
العدد
المجلد 2008، العدد 2008 (31 ديسمبر/كانون الأول 2008)، ص ص. 1-7، 7ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2008-04-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
7
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
We have developed a Windows-based program, ConPath, as a scaffold analyzer.
ConPath constructs scaffolds by ordering and orienting separate sequence contigs by exploiting the mate-pair information between contig-pairs.
Our algorithm builds directed graphs from link information and traverses them to find the longest acyclic graphs.
Using end read pairs of fixed-sized mate-pair libraries, ConPath determines relative orientations of all contigs, estimates the gap size of each adjacent contig pair, and reports wrong assembly information by validating orientations and gap sizes.
We have utilized ConPath in more than 10 microbial genome projects, including Mannheimia succiniciproducens and Vibro vulnificus, where we verified contig assembly and identified several erroneous contigs using the four types of error defined in ConPath.
Also, ConPath supports some convenient features and viewers that permit investigation of each contig in detail; these include contig viewer, scaffold viewer, edge information list, mate-pair list, and the printing of complex scaffold structures.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Kim, Pan-Gyu& Cho, Hwan-Gue& Park, Kiejung. 2008. A Scaffold Analysis Tool Using Mate-Pair Information in Genome Sequencing. Journal of Biomedicine and Biotechnology،Vol. 2008, no. 2008, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489612
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Kim, Pan-Gyu…[et al.]. A Scaffold Analysis Tool Using Mate-Pair Information in Genome Sequencing. Journal of Biomedicine and Biotechnology No. 2008 (2008), pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489612
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Kim, Pan-Gyu& Cho, Hwan-Gue& Park, Kiejung. A Scaffold Analysis Tool Using Mate-Pair Information in Genome Sequencing. Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2008. Vol. 2008, no. 2008, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489612
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-489612
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر