Molecular Tools for the Detection of Nitrogen Cycling Archaea
المؤلف
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-01-08
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Archaea are widespread in extreme and temperate environments, and cultured representatives cover a broad spectrum of metabolic capacities, which sets them up for potentially major roles in the biogeochemistry of their ecosystems.
The detection, characterization, and quantification of archaeal functions in mixed communities require Archaea-specific primers or probes for the corresponding metabolic genes.
Five pairs of degenerate primers were designed to target archaeal genes encoding key enzymes of nitrogen cycling: nitrite reductases NirA and NirB, nitrous oxide reductase (NosZ), nitrogenase reductase (NifH), and nitrate reductases NapA/NarG.
Sensitivity towards their archaeal target gene, phylogenetic specificity, and gene specificity were evaluated in silico and in vitro.
Owing to their moderate sensitivity/coverage, the novel nirB-targeted primers are suitable for pure culture studies only.
The nirA-targeted primers showed sufficient sensitivity and phylogenetic specificity, but poor gene specificity.
The primers designed for amplification of archaeal nosZ performed well in all 3 criteria; their discrimination against bacterial homologs appears to be weakened when Archaea are strongly outnumbered by bacteria in a mixed community.
The novel nifH-targeted primers showed high sensitivity and gene specificity, but failed to discriminate against bacterial homologs.
Despite limitations, 4 of the new primer pairs are suitable tools in several molecular methods applied in archaeal ecology.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Rusch, Antje. 2013. Molecular Tools for the Detection of Nitrogen Cycling Archaea. Archaea،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489677
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Rusch, Antje. Molecular Tools for the Detection of Nitrogen Cycling Archaea. Archaea No. 2013 (2013), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489677
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Rusch, Antje. Molecular Tools for the Detection of Nitrogen Cycling Archaea. Archaea. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-489677
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-489677
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر