![](/images/graphics-bg.png)
SCBI_MapReduce, a New Ruby Task-Farm Skeleton for Automated Parallelisation and Distribution in Chunks of Sequences : The Implementation of a Boosted Blast+
المؤلفون المشاركون
Guerrero-Fernández, Darío
Falgueras, Juan
Claros, M. Gonzalo
المصدر
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-12، 12ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-10-27
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
12
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Current genomic analyses often require the managing and comparison of big data using desktop bioinformatic software that was not developed regarding multicore distribution.
The task-farm SCBI_MAPREDUCE is intended to simplify the trivial parallelisation and distribution of new and legacy software and scripts for biologists who are interested in using computers but are not skilled programmers.
In the case of legacy applications, there is no need of modification or rewriting the source code.
It can be used from multicore workstations to heterogeneous grids.
Tests have demonstrated that speed-up scales almost linearly and that distribution in small chunks increases it.
It is also shown that SCBI_MAPREDUCE takes advantage of shared storage when necessary, is fault-tolerant, allows for resuming aborted jobs, does not need special hardware or virtual machine support, and provides the same results than a parallelised, legacy software.
The same is true for interrupted and relaunched jobs.
As proof-of-concept, distribution of a compiled version of BLAST+ in the SCBI_DISTRIBUTED_BLAST gem is given, indicating that other blast binaries can be used while maintaining the same SCBI_DISTRIBUTED_BLAST code.
Therefore, SCBI_MAPREDUCE suits most parallelisation and distribution needs in, for example, gene and genome studies.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Guerrero-Fernández, Darío& Falgueras, Juan& Claros, M. Gonzalo. 2013. SCBI_MapReduce, a New Ruby Task-Farm Skeleton for Automated Parallelisation and Distribution in Chunks of Sequences : The Implementation of a Boosted Blast+. Computational Biology Journal،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-492186
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Guerrero-Fernández, Darío…[et al.]. SCBI_MapReduce, a New Ruby Task-Farm Skeleton for Automated Parallelisation and Distribution in Chunks of Sequences : The Implementation of a Boosted Blast+. Computational Biology Journal No. 2013 (2013), pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-492186
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Guerrero-Fernández, Darío& Falgueras, Juan& Claros, M. Gonzalo. SCBI_MapReduce, a New Ruby Task-Farm Skeleton for Automated Parallelisation and Distribution in Chunks of Sequences : The Implementation of a Boosted Blast+. Computational Biology Journal. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-12.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-492186
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-492186
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)