A Pathway Analysis Tool for Analyzing Microarray Data of Species with Low Physiological Information
المؤلفون المشاركون
Pool, M. H.
te Pas, M. F. W.
Rebel, J. M. J.
Hulsegge, B.
Hoekman, A. J. W.
Smits, Mari A.
van Hemert, S.
المصدر
العدد
المجلد 2008، العدد 2008 (31 ديسمبر/كانون الأول 2008)، ص ص. 1-7، 7ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2008-12-24
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
7
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Pathway information provides insight into the biological processes underlying microarray data.
Pathway information is widely available for humans and laboratory animals in databases through the internet, but less for other species, for example, livestock.
Many software packages use species-specific gene IDs that cannot handle genomics data from other species.
We developed a species-independent method to search pathways databases to analyse microarray data.
Three PERL scripts were developed that use the names of the genes on the microarray.
(1) Add synonyms of gene names by searching the Gene Ontology (GO) database.
(2) Search the Kyoto Encyclopaedia of Genes and Genomes (KEGG) database for pathway information using this GO-enriched gene list.
(3) Combine the pathway data with the microarray data and visualize the results using color codes indicating regulation.
To demonstrate the power of the method, we used a previously reported chicken microarray experiment investigating line-specific reactions to Salmonella infection as an example.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
te Pas, M. F. W.& van Hemert, S.& Hulsegge, B.& Hoekman, A. J. W.& Pool, M. H.& Rebel, J. M. J.…[et al.]. 2008. A Pathway Analysis Tool for Analyzing Microarray Data of Species with Low Physiological Information. Advances in Bioinformatics،Vol. 2008, no. 2008, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-493174
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
te Pas, M. F. W.…[et al.]. A Pathway Analysis Tool for Analyzing Microarray Data of Species with Low Physiological Information. Advances in Bioinformatics No. 2008 (2008), pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-493174
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
te Pas, M. F. W.& van Hemert, S.& Hulsegge, B.& Hoekman, A. J. W.& Pool, M. H.& Rebel, J. M. J.…[et al.]. A Pathway Analysis Tool for Analyzing Microarray Data of Species with Low Physiological Information. Advances in Bioinformatics. 2008. Vol. 2008, no. 2008, pp.1-7.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-493174
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-493174
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر