Using the Sadakane Compressed Suffix Tree to Solve the All-Pairs Suffix-Prefix Problem
المؤلفون المشاركون
Malluhi, Qutaibah
Abouelhoda, Mohamed
Haj Rachid, Maan
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-04-16
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The all-pairs suffix-prefix matching problem is a basic problem in string processing.
It has an application in the de novo genome assembly task, which is one of the major bioinformatics problems.
Due to the large size of the input data, it is crucial to use fast and space efficient solutions.
In this paper, we present a space-economical solution to this problem using the generalized Sadakane compressed suffix tree.
Furthermore, we present a parallel algorithm to provide more speed for shared memory computers.
Our sequential and parallel algorithms are optimized by exploiting features of the Sadakane compressed index data structure.
Experimental results show that our solution based on the Sadakane’s compressed index consumes significantly less space than the ones based on noncompressed data structures like the suffix tree and the enhanced suffix array.
Our experimental results show that our parallel algorithm is efficient and scales well with increasing number of processors.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Haj Rachid, Maan& Malluhi, Qutaibah& Abouelhoda, Mohamed. 2014. Using the Sadakane Compressed Suffix Tree to Solve the All-Pairs Suffix-Prefix Problem. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-495317
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Haj Rachid, Maan…[et al.]. Using the Sadakane Compressed Suffix Tree to Solve the All-Pairs Suffix-Prefix Problem. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-495317
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Haj Rachid, Maan& Malluhi, Qutaibah& Abouelhoda, Mohamed. Using the Sadakane Compressed Suffix Tree to Solve the All-Pairs Suffix-Prefix Problem. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-495317
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-495317
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر