![](/images/graphics-bg.png)
High Performance Biological Pairwise Sequence Alignment : FPGA versus GPU versus Cell BE versus GPP
المؤلفون المشاركون
Liu, Ying
Akoglu, Ali
Tian, Xiang
Ling, Cheng
Song, Yang
Benkrid, Khaled
المصدر
International Journal of Reconfigurable Computing
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-15، 15ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-05-16
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
15
التخصصات الرئيسية
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الملخص EN
This paper explores the pros and cons of reconfigurable computing in the form of FPGAs for high performance efficient computing.
In particular, the paper presents the results of a comparative study between three different acceleration technologies, namely, Field Programmable Gate Arrays (FPGAs), Graphics Processor Units (GPUs), and IBM’s Cell Broadband Engine (Cell BE), in the design and implementation of the widely-used Smith-Waterman pairwise sequence alignment algorithm, with general purpose processors as a base reference implementation.
Comparison criteria include speed, energy consumption, and purchase and development costs.
The study shows that FPGAs largely outperform all other implementation platforms on performance per watt criterion and perform better than all other platforms on performance per dollar criterion, although by a much smaller margin.
Cell BE and GPU come second and third, respectively, on both performance per watt and performance per dollar criteria.
In general, in order to outperform other technologies on performance per dollar criterion (using currently available hardware and development tools), FPGAs need to achieve at least two orders of magnitude speed-up compared to general-purpose processors and one order of magnitude speed-up compared to domain-specific technologies such as GPUs.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Benkrid, Khaled& Akoglu, Ali& Ling, Cheng& Song, Yang& Liu, Ying& Tian, Xiang. 2012. High Performance Biological Pairwise Sequence Alignment : FPGA versus GPU versus Cell BE versus GPP. International Journal of Reconfigurable Computing،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-495995
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Benkrid, Khaled…[et al.]. High Performance Biological Pairwise Sequence Alignment : FPGA versus GPU versus Cell BE versus GPP. International Journal of Reconfigurable Computing No. 2012 (2012), pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-495995
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Benkrid, Khaled& Akoglu, Ali& Ling, Cheng& Song, Yang& Liu, Ying& Tian, Xiang. High Performance Biological Pairwise Sequence Alignment : FPGA versus GPU versus Cell BE versus GPP. International Journal of Reconfigurable Computing. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-495995
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-495995
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)