A Novel Bioinformatics Method for Efficient Knowledge Discovery by BLSOM from Big Genomic Sequence Data
المؤلفون المشاركون
Iwasaki, Yuki
Ikemura, Toshimichi
Kanaya, Shigehiko
Bai, Yu
Zhao, Yue
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-04-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
With remarkable increase of genomic sequence data of a wide range of species, novel tools are needed for comprehensive analyses of the big sequence data.
Self-Organizing Map (SOM) is an effective tool for clustering and visualizing high-dimensional data such as oligonucleotide composition on one map.
By modifying the conventional SOM, we have previously developed Batch-Learning SOM (BLSOM), which allows classification of sequence fragments according to species, solely depending on the oligonucleotide composition.
In the present study, we introduce the oligonucleotide BLSOM used for characterization of vertebrate genome sequences.
We first analyzed pentanucleotide compositions in 100 kb sequences derived from a wide range of vertebrate genomes and then the compositions in the human and mouse genomes in order to investigate an efficient method for detecting differences between the closely related genomes.
BLSOM can recognize the species-specific key combination of oligonucleotide frequencies in each genome, which is called a “genome signature,” and the specific regions specifically enriched in transcription-factor-binding sequences.
Because the classification and visualization power is very high, BLSOM is an efficient powerful tool for extracting a wide range of information from massive amounts of genomic sequences (i.e., big sequence data).
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Bai, Yu& Iwasaki, Yuki& Kanaya, Shigehiko& Zhao, Yue& Ikemura, Toshimichi. 2014. A Novel Bioinformatics Method for Efficient Knowledge Discovery by BLSOM from Big Genomic Sequence Data. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-497086
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Bai, Yu…[et al.]. A Novel Bioinformatics Method for Efficient Knowledge Discovery by BLSOM from Big Genomic Sequence Data. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-497086
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Bai, Yu& Iwasaki, Yuki& Kanaya, Shigehiko& Zhao, Yue& Ikemura, Toshimichi. A Novel Bioinformatics Method for Efficient Knowledge Discovery by BLSOM from Big Genomic Sequence Data. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-497086
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-497086
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر