CMD : A Database to Store the Bonding States of Cysteine Motifs with Secondary Structures
المؤلفون المشاركون
Hussein, Zeti Azura
Salim, Naomie
Shamsir, Mohd Shahir
Bostan, Hamed
Klappa, Peter
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-5، 5ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-10-10
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
5
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Computational approaches to the disulphide bonding state and its connectivity pattern prediction are based on various descriptors.
One descriptor is the amino acid sequence motifs flanking the cysteine residue motifs.
Despite the existence of disulphide bonding information in many databases and applications, there is no complete reference and motif query available at the moment.
Cysteine motif database (CMD) is the first online resource that stores all cysteine residues, their flanking motifs with their secondary structure, and propensity values assignment derived from the laboratory data.
We extracted more than 3 million cysteine motifs from PDB and UniProt data, annotated with secondary structure assignment, propensity value assignment, and frequency of occurrence and coefficiency of their bonding status.
Removal of redundancies generated 15875 unique flanking motifs that are always bonded and 41577 unique patterns that are always nonbonded.
Queries are based on the protein ID, FASTA sequence, sequence motif, and secondary structure individually or in batch format using the provided APIs that allow remote users to query our database via third party software and/or high throughput screening/querying.
The CMD offers extensive information about the bonded, free cysteine residues, and their motifs that allows in-depth characterization of the sequence motif composition.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Bostan, Hamed& Salim, Naomie& Hussein, Zeti Azura& Klappa, Peter& Shamsir, Mohd Shahir. 2012. CMD : A Database to Store the Bonding States of Cysteine Motifs with Secondary Structures. Advances in Bioinformatics،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503174
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Bostan, Hamed…[et al.]. CMD : A Database to Store the Bonding States of Cysteine Motifs with Secondary Structures. Advances in Bioinformatics No. 2012 (2012), pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503174
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Bostan, Hamed& Salim, Naomie& Hussein, Zeti Azura& Klappa, Peter& Shamsir, Mohd Shahir. CMD : A Database to Store the Bonding States of Cysteine Motifs with Secondary Structures. Advances in Bioinformatics. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503174
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-503174
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر