![](/images/graphics-bg.png)
Large-Scale Genomic Analysis of Codon Usage in Dengue Virus and Evaluation of Its Phylogenetic Dependence
المؤلفون المشاركون
Lara-Ramírez, Edgar E.
Salazar, Ma. Isabel
Guo, Xianwu
Salas-Benito, Juan Santiago
López-López, María de Jesús
Sánchez-Varela, Alejandro
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-07-17
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The increasing number of dengue virus (DENV) genome sequences available allows identifying the contributing factors to DENV evolution.
In the present study, the codon usage in serotypes 1–4 (DENV1–4) has been explored for 3047 sequenced genomes using different statistics methods.
The correlation analysis of total GC content (GC) with GC content at the three nucleotide positions of codons (GC1, GC2, and GC3) as well as the effective number of codons (ENC, ENCp) versus GC3 plots revealed mutational bias and purifying selection pressures as the major forces influencing the codon usage, but with distinct pressure on specific nucleotide position in the codon.
The correspondence analysis (CA) and clustering analysis on relative synonymous codon usage (RSCU) within each serotype showed similar clustering patterns to the phylogenetic analysis of nucleotide sequences for DENV1–4.
These clustering patterns are strongly related to the virus geographic origin.
The phylogenetic dependence analysis also suggests that stabilizing selection acts on the codon usage bias.
Our analysis of a large scale reveals new feature on DENV genomic evolution.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Lara-Ramírez, Edgar E.& Salazar, Ma. Isabel& López-López, María de Jesús& Salas-Benito, Juan Santiago& Sánchez-Varela, Alejandro& Guo, Xianwu. 2014. Large-Scale Genomic Analysis of Codon Usage in Dengue Virus and Evaluation of Its Phylogenetic Dependence. BioMed Research International،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503308
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Lara-Ramírez, Edgar E.…[et al.]. Large-Scale Genomic Analysis of Codon Usage in Dengue Virus and Evaluation of Its Phylogenetic Dependence. BioMed Research International No. 2014 (2014), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503308
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Lara-Ramírez, Edgar E.& Salazar, Ma. Isabel& López-López, María de Jesús& Salas-Benito, Juan Santiago& Sánchez-Varela, Alejandro& Guo, Xianwu. Large-Scale Genomic Analysis of Codon Usage in Dengue Virus and Evaluation of Its Phylogenetic Dependence. BioMed Research International. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503308
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-503308
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)