![](/images/graphics-bg.png)
Efficient Identification of Transcription Factor Binding Sites with a Graph Theoretic Approach
المؤلفون المشاركون
المصدر
Computational and Mathematical Methods in Medicine
العدد
المجلد 2013، العدد 2013 (31 ديسمبر/كانون الأول 2013)، ص ص. 1-6، 6ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2013-01-03
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
6
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Identifying transcription factor binding sites with experimental methods is often expensive and time consuming.
Although many computational approaches and tools have been developed for this problem, the prediction accuracy is not satisfactory.
In this paper, we develop a new computational approach that can model the relationships among all short sequence segments in the promoter regions with a graph theoretic model.
Based on this model, finding the locations of transcription factor binding site is reduced to computing maximum weighted cliques in a graph with weighted edges.
We have implemented this approach and used it to predict the binding sites in two organisms, Caenorhabditis elegans and mus musculus.
We compared the prediction accuracy with that of the Gibbs Motif Sampler.
We found that the accuracy of our approach is higher than or comparable with that of the Gibbs Motif Sampler for most of tested data and can accurately identify binding sites in cases where the Gibbs Motif Sampler has difficulty to predict their locations.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Song, Jia& Xu, Li& Sun, Hong. 2013. Efficient Identification of Transcription Factor Binding Sites with a Graph Theoretic Approach. Computational and Mathematical Methods in Medicine،Vol. 2013, no. 2013, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503719
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Song, Jia…[et al.]. Efficient Identification of Transcription Factor Binding Sites with a Graph Theoretic Approach. Computational and Mathematical Methods in Medicine No. 2013 (2013), pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503719
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Song, Jia& Xu, Li& Sun, Hong. Efficient Identification of Transcription Factor Binding Sites with a Graph Theoretic Approach. Computational and Mathematical Methods in Medicine. 2013. Vol. 2013, no. 2013, pp.1-6.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-503719
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-503719
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)