![](/images/graphics-bg.png)
A New Normalizing Algorithm for BAC CGH Arrays with Quality Control Metrics
المؤلفون المشاركون
Gaile, Daniel P.
Nowak, Norma
Miecznikowski, Jeffrey C.
Liu, Song
Shepherd, Lori A.
المصدر
Journal of Biomedicine and Biotechnology
العدد
المجلد 2011، العدد 2011 (31 ديسمبر/كانون الأول 2011)، ص ص. 1-15، 15ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2011-02-21
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
15
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The main focus in pin-tip (or print-tip) microarray analysis is determining which probes, genes, or oligonucleotides are differentially expressed.
Specifically in array comparative genomic hybridization (aCGH) experiments, researchers search for chromosomal imbalances in the genome.
To model this data, scientists apply statistical methods to the structure of the experiment and assume that the data consist of the signal plus random noise.
In this paper we propose “SmoothArray”, a new method to preprocess comparative genomic hybridization (CGH) bacterial artificial chromosome (BAC) arrays and we show the effects on a cancer dataset.
As part of our R software package “aCGHplus,” this freely available algorithm removes the variation due to the intensity effects, pin/print-tip, the spatial location on the microarray chip, and the relative location from the well plate.
removal of this variation improves the downstream analysis and subsequent inferences made on the data.
Further, we present measures to evaluate the quality of the dataset according to the arrayer pins, 384-well plates, plate rows, and plate columns.
We compare our method against competing methods using several metrics to measure the biological signal.
With this novel normalization algorithm and quality control measures, the user can improve their inferences on datasets and pinpoint problems that may arise in their BAC aCGH technology.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Miecznikowski, Jeffrey C.& Gaile, Daniel P.& Liu, Song& Shepherd, Lori A.& Nowak, Norma. 2011. A New Normalizing Algorithm for BAC CGH Arrays with Quality Control Metrics. Journal of Biomedicine and Biotechnology،Vol. 2011, no. 2011, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-504116
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Miecznikowski, Jeffrey C.…[et al.]. A New Normalizing Algorithm for BAC CGH Arrays with Quality Control Metrics. Journal of Biomedicine and Biotechnology No. 2011 (2011), pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-504116
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Miecznikowski, Jeffrey C.& Gaile, Daniel P.& Liu, Song& Shepherd, Lori A.& Nowak, Norma. A New Normalizing Algorithm for BAC CGH Arrays with Quality Control Metrics. Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2011. Vol. 2011, no. 2011, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-504116
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-504116
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)