![](/images/graphics-bg.png)
How Good Are Simplified Models for Protein Structure Prediction?
المؤلفون المشاركون
Pham, Duc Nghia
Newton, M. A. Hakim
Shatabda, Swakkhar
Sattar, Abdul
Rashid, Mahmood A.
المصدر
العدد
المجلد 2014، العدد 2014 (31 ديسمبر/كانون الأول 2014)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2014-04-29
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
Protein structure prediction (PSP) has been one of the most challenging problems in computational biology for several decades.
The challenge is largely due to the complexity of the all-atomic details and the unknown nature of the energy function.
Researchers have therefore used simplified energy models that consider interaction potentials only between the amino acid monomers in contact on discrete lattices.
The restricted nature of the lattices and the energy models poses a twofold concern regarding the assessment of the models.
Can a native or a very close structure be obtained when structures are mapped to lattices? Can the contact based energy models on discrete lattices guide the search towards the native structures? In this paper, we use the protein chain lattice fitting (PCLF) problem to address the first concern; we developed a constraint-based local search algorithm for the PCLF problem for cubic and face-centered cubic lattices and found very close lattice fits for the native structures.
For the second concern, we use a number of techniques to sample the conformation space and find correlations between energy functions and root mean square deviation (RMSD) distance of the lattice-based structures with the native structures.
Our analysis reveals weakness of several contact based energy models used that are popular in PSP.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Shatabda, Swakkhar& Newton, M. A. Hakim& Rashid, Mahmood A.& Pham, Duc Nghia& Sattar, Abdul. 2014. How Good Are Simplified Models for Protein Structure Prediction?. Advances in Bioinformatics،Vol. 2014, no. 2014, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-504640
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Shatabda, Swakkhar…[et al.]. How Good Are Simplified Models for Protein Structure Prediction?. Advances in Bioinformatics No. 2014 (2014), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-504640
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Shatabda, Swakkhar& Newton, M. A. Hakim& Rashid, Mahmood A.& Pham, Duc Nghia& Sattar, Abdul. How Good Are Simplified Models for Protein Structure Prediction?. Advances in Bioinformatics. 2014. Vol. 2014, no. 2014, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-504640
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-504640
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)