Identification of Multiple Hypoxia Signatures in Neuroblastoma Cell Lines by l1-l2 Regularization and Data Reduction
المؤلفون المشاركون
Barla, Annalisa
Verri, Alessandro
Fardin, Paolo
Rosasco, Lorenzo
Gambini, Claudio
Mosci, Sofia
Cornero, Andrea
Varesio, Luigi
Acquaviva, Massimo
المصدر
Journal of Biomedicine and Biotechnology
العدد
المجلد 2010، العدد 2010 (31 ديسمبر/كانون الأول 2010)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2010-06-28
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Hypoxia is a condition of low oxygen tension occurring in the tumor and negatively correlated with the progression of the disease.
We studied the gene expression profiles of nine neuroblastoma cell lines grown under hypoxic conditions to define gene signatures that characterize hypoxic neuroblastoma.
The l1-l2 regularization applied to the entire transcriptome identified a single signature of 11 probesets discriminating the hypoxic state.
We demonstrate that new hypoxia signatures, with similar discriminatory power, can be generated by a prior knowledge-based filtering in which a much smaller number of probesets, characterizing hypoxia-related biochemical pathways, are analyzed.
l1-l2 regularization identified novel and robust hypoxia signatures within apoptosis, glycolysis, and oxidative phosphorylation Gene Ontology classes.
We conclude that the filtering approach overcomes the noisy nature of the microarray data and allows generating robust signatures suitable for biomarker discovery and patients risk assessment in a fraction of computer time.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Fardin, Paolo& Cornero, Andrea& Barla, Annalisa& Mosci, Sofia& Acquaviva, Massimo& Rosasco, Lorenzo…[et al.]. 2010. Identification of Multiple Hypoxia Signatures in Neuroblastoma Cell Lines by l1-l2 Regularization and Data Reduction. Journal of Biomedicine and Biotechnology،Vol. 2010, no. 2010, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-505588
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Fardin, Paolo…[et al.]. Identification of Multiple Hypoxia Signatures in Neuroblastoma Cell Lines by l1-l2 Regularization and Data Reduction. Journal of Biomedicine and Biotechnology No. 2010 (2010), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-505588
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Fardin, Paolo& Cornero, Andrea& Barla, Annalisa& Mosci, Sofia& Acquaviva, Massimo& Rosasco, Lorenzo…[et al.]. Identification of Multiple Hypoxia Signatures in Neuroblastoma Cell Lines by l1-l2 Regularization and Data Reduction. Journal of Biomedicine and Biotechnology. 2010. Vol. 2010, no. 2010, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-505588
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-505588
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر