![](/images/graphics-bg.png)
In Silico RAPD Priming Sites in Expressed Sequences and iSCAR Markers for Oil Palm
المؤلفون المشاركون
Premkrishnan, Balakrishnan Vasanthakumari
Arunachalam, Vadivel
المصدر
Comparative and Functional Genomics
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-5، 5ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-03-13
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
5
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
RAPD is a simple dominant marker system widely used in biology.
Effectiveness of RAPD can be improved by selecting and redesigning primers whose priming sites occur in target sequence(s) of gene or organism at optimum distance.
We developed software that uses sequences of random decamer primers and nucleotide sequence(s) as two input files.
It locates the priming sites in input sequences and generates output files listing frequency and distance between priming sites.
When the priming sites of a single primer occur more than once in a sequence with a distance of 200 to 2000 bp, the software also designs pairs of iSCAR primers.
An input of 387 RAPD primers and 42,432 expressed sequences of oil palm are used as test.
Wet-lab PCR results from a publication that used the same set of primers were compared with software output on priming sites.
In the test sequences of oil palm covering 1.4% of genome, we found that at least 60% the primers chosen using software are sure of giving PCR amplification.
We designed 641 iSCAR primers suitable for amplification of oil palm DNA.
The software successfully predicted 92% (67 out of 73) of published polymorphic RAPD primers in oil palm.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Premkrishnan, Balakrishnan Vasanthakumari& Arunachalam, Vadivel. 2012. In Silico RAPD Priming Sites in Expressed Sequences and iSCAR Markers for Oil Palm. Comparative and Functional Genomics،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-507608
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Premkrishnan, Balakrishnan Vasanthakumari& Arunachalam, Vadivel. In Silico RAPD Priming Sites in Expressed Sequences and iSCAR Markers for Oil Palm. Comparative and Functional Genomics No. 2012 (2012), pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-507608
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Premkrishnan, Balakrishnan Vasanthakumari& Arunachalam, Vadivel. In Silico RAPD Priming Sites in Expressed Sequences and iSCAR Markers for Oil Palm. Comparative and Functional Genomics. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-507608
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-507608
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)