![](/images/graphics-bg.png)
Position Weight Matrix, Gibbs Sampler, and the Associated Significance Tests in Motif Characterization and Prediction
المؤلف
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-15، 15ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-11-20
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
15
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأمراض
الملخص EN
Position weight matrix (PWM) is not only one of the most widely used bioinformatic methods, but also a key component in more advanced computational algorithms (e.g., Gibbs sampler) for characterizing and discovering motifs in nucleotide or amino acid sequences.
However, few generally applicable statistical tests are available for evaluating the significance of site patterns, PWM, and PWM scores (PWMS) of putative motifs.
Statistical significance tests of the PWM output, that is, site-specific frequencies, PWM itself, and PWMS, are in disparate sources and have never been collected in a single paper, with the consequence that many implementations of PWM do not include any significance test.
Here I review PWM-based methods used in motif characterization and prediction (including a detailed illustration of the Gibbs sampler for de novo motif discovery), present statistical and probabilistic rationales behind statistical significance tests relevant to PWM, and illustrate their application with real data.
The multiple comparison problem associated with the test of site-specific frequencies is best handled by false discovery rate methods.
The test of PWM, due to the use of pseudocounts, is best done by resampling methods.
The test of individual PWMS for each sequence segment should be based on the extreme value distribution.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Xia, Xuhua. 2012. Position Weight Matrix, Gibbs Sampler, and the Associated Significance Tests in Motif Characterization and Prediction. Scientifica،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-507966
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Xia, Xuhua. Position Weight Matrix, Gibbs Sampler, and the Associated Significance Tests in Motif Characterization and Prediction. Scientifica No. 2012 (2012), pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-507966
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Xia, Xuhua. Position Weight Matrix, Gibbs Sampler, and the Associated Significance Tests in Motif Characterization and Prediction. Scientifica. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-507966
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-507966
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)