Protein Surface Characterization Using an Invariant Descriptor
المؤلفون المشاركون
Jiang, Bing-Hua
Adjeroh, Donald A.
Abu Deeb, Zainab
المصدر
International Journal of Biomedical Imaging
العدد
المجلد 2011، العدد 2011 (31 ديسمبر/كانون الأول 2011)، ص ص. 1-15، 15ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2011-11-22
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
15
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Aim.
To develop a new invariant descriptor for the characterization of protein surfaces, suitable for various analysis tasks, such as protein functional classification, and search and retrieval of protein surfaces over a large database.
Methods.
We start with a local descriptor of selected circular patches on the protein surface.
The descriptor records the distance distribution between the central residue and the residues within the patch, keeping track of the number of particular pairwise residue cooccurrences in the patch.
A global descriptor for the entire protein surface is then constructed by combining information from the local descriptors.
Our method is novel in its focus on residue-specific distance distributions, and the use of residue-distance co-occurrences as the basis for the proposed protein surface descriptors.
Results.
Results are presented for protein classification and for retrieval for three protein families.
For the three families, we obtained an area under the curve for precision and recall ranging from 0.6494 (without residue co-occurrences) to 0.6683 (with residue co-occurrences).
Large-scale screening using two other protein families placed related family members at the top of the rank, with a number of uncharacterized proteins also retrieved.
Comparative results with other proposed methods are included.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Abu Deeb, Zainab& Adjeroh, Donald A.& Jiang, Bing-Hua. 2011. Protein Surface Characterization Using an Invariant Descriptor. International Journal of Biomedical Imaging،Vol. 2011, no. 2011, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-508113
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Abu Deeb, Zainab…[et al.]. Protein Surface Characterization Using an Invariant Descriptor. International Journal of Biomedical Imaging No. 2011 (2011), pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-508113
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Abu Deeb, Zainab& Adjeroh, Donald A.& Jiang, Bing-Hua. Protein Surface Characterization Using an Invariant Descriptor. International Journal of Biomedical Imaging. 2011. Vol. 2011, no. 2011, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-508113
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-508113
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر