An Efficient Genome Fragment Assembling Using GA with Neighborhood Aware Fitness Function
المؤلفون المشاركون
Chakraborty, Goutam
Kikuchi, Satoko
المصدر
Applied Computational Intelligence and Soft Computing
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-11، 11ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-07-08
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
11
التخصصات الرئيسية
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الملخص EN
To decode a long genome sequence, shotgun sequencing is the state-of-the-art technique.
It needs to properly sequence a very large number, sometimes as large as millions, of short partially readable strings (fragments).
Arranging those fragments in correct sequence is known as fragment assembling, which is an NP-problem.
Presently used methods require enormous computational cost.
In this work, we have shown how our modified genetic algorithm (GA) could solve this problem efficiently.
In the proposed GA, the length of the chromosome, which represents the volume of the search space, is reduced with advancing generations, and thereby improves search efficiency.
We also introduced a greedy mutation, by swapping nearby fragments using some heuristics, to improve the fitness of chromosomes.
We compared results with Parsons’ algorithm which is based on GA too.
We used fragments with partial reads on both sides, mimicking fragments in real genome assembling process.
In Parsons’ work base-pair array of the whole fragment is known.
Even then, we could obtain much better results, and we succeeded in restructuring contigs covering 100% of the genome sequences.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Kikuchi, Satoko& Chakraborty, Goutam. 2012. An Efficient Genome Fragment Assembling Using GA with Neighborhood Aware Fitness Function. Applied Computational Intelligence and Soft Computing،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-510291
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Kikuchi, Satoko& Chakraborty, Goutam. An Efficient Genome Fragment Assembling Using GA with Neighborhood Aware Fitness Function. Applied Computational Intelligence and Soft Computing No. 2012 (2012), pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-510291
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Kikuchi, Satoko& Chakraborty, Goutam. An Efficient Genome Fragment Assembling Using GA with Neighborhood Aware Fitness Function. Applied Computational Intelligence and Soft Computing. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-11.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-510291
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-510291
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر