A Topology-Based Metric for Measuring Term Similarity in the Gene Ontology
المؤلفون المشاركون
Mazandu, Gaston K.
Mulder, Nicola J.
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-17، 17ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-05-15
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
17
التخصصات الرئيسية
العلوم الطبيعية والحياتية (متداخلة التخصصات)
الأحياء
الملخص EN
The wide coverage and biological relevance of the Gene Ontology (GO), confirmed through its successful use in protein function prediction, have led to the growth in its popularity.
In order to exploit the extent of biological knowledge that GO offers in describing genes or groups of genes, there is a need for an efficient, scalable similarity measure for GO terms and GO-annotated proteins.
While several GO similarity measures exist, none adequately addresses all issues surrounding the design and usage of the ontology.
We introduce a new metric for measuring the distance between two GO terms using the intrinsic topology of the GO-DAG, thus enabling the measurement of functional similarities between proteins based on their GO annotations.
We assess the performance of this metric using a ROC analysis on human protein-protein interaction datasets and correlation coefficient analysis on the selected set of protein pairs from the CESSM online tool.
This metric achieves good performance compared to the existing annotation-based GO measures.
We used this new metric to assess functional similarity between orthologues, and show that it is effective at determining whether orthologues are annotated with similar functions and identifying cases where annotation is inconsistent between orthologues.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Mazandu, Gaston K.& Mulder, Nicola J.. 2012. A Topology-Based Metric for Measuring Term Similarity in the Gene Ontology. Advances in Bioinformatics،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-17.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-512875
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Mazandu, Gaston K.& Mulder, Nicola J.. A Topology-Based Metric for Measuring Term Similarity in the Gene Ontology. Advances in Bioinformatics No. 2012 (2012), pp.1-17.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-512875
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Mazandu, Gaston K.& Mulder, Nicola J.. A Topology-Based Metric for Measuring Term Similarity in the Gene Ontology. Advances in Bioinformatics. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-17.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-512875
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-512875
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر