Evaluation of the RDP classifier accuracy using 16S rRNA gene variable regions
المؤلفون المشاركون
المصدر
العدد
المجلد 1، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-5، 5ص.
الناشر
تاريخ النشر
2012-12-31
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
5
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
The RDP Classifier is a widely used bioinformatic program that performs taxonomic classification of 16S rRNA gene sequences.
However, the accuracy of the program is not clear when it is applied to common PCR products of the 16S rRNA variable regions, which are heavily used in microbiome projects.
In this study, fulllength 16S rRNA gene alignments from the SILVA database were used to simulate the PCR products of the combined variable regions (i.e., V1–V3, V3–V5, and V6–V9).
The classification accuracies obtained from RDP Classifier were evaluated for each of the simulated 16S rRNA regions, at different confidence score thresholds.
Although minor bias was observed, the RDP Classifier achieved overall similar and accurate classification results when using the combined variable regions of the 16S rRNA gene, i.e., V1–V3, V3– V5, and V6–V9.
Additional analysis showed that V2 and V4 were the most accurate among individual regions (i.e., V1 to V9).
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Vilo, Claudia& Dong, Qunfeng. 2012. Evaluation of the RDP classifier accuracy using 16S rRNA gene variable regions. Metagenomics،Vol. 1, no. 2012, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-686007
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Vilo, Claudia& Dong, Qunfeng. Evaluation of the RDP classifier accuracy using 16S rRNA gene variable regions. Metagenomics Vol. 1 (2012), pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-686007
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Vilo, Claudia& Dong, Qunfeng. Evaluation of the RDP classifier accuracy using 16S rRNA gene variable regions. Metagenomics. 2012. Vol. 1, no. 2012, pp.1-5.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-686007
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references : p. 5
رقم السجل
BIM-686007
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر