Identification of genetic mutations associated with autism in GABRB3 gene in Iraqi autistic patients
العناوين الأخرى
التحري عن الطفرات الوراثية ضمن الجين GABRB3 و المرتبطة بالتوحد في مرضى توحد عراقيين
المؤلفون المشاركون
Yasin, Alya Hamzah
al-Qazzaz, Abd al-Karim Abd al-Razzaq Abd al-Wahhab
Abd al-Muhsin, Haydar
المصدر
العدد
المجلد 57، العدد 2B (30 يونيو/حزيران 2016)، ص ص. 1184-1191، 8ص.
الناشر
تاريخ النشر
2016-06-30
دولة النشر
العراق
عدد الصفحات
8
التخصصات الرئيسية
الموضوعات
الملخص AR
أجريت هذه الدراسة بهدف التحري عن الطفرات الوراثية في الجين GABRB3 الذي يشفر للوحدة الثانوية بيتا 3 ضمن مستقبل الحامض كاما-امينوبيوتيريك في مرضى طيف التوحد.
شملت الدراسة أربعين طفل مصاب بالتوحد و خمس و عشرون آخرين غير مصابين بالتوحد كمجموعة سيطرة (خمس منهم من أشقاء الأطفال المصابين بالتوحد و عشرون آخرون غرباء) بمعدل عمر يتراوح بين 3–10 سنوات.
تم استخلاص الحامض النووي منقوص الأوكسجين DNA من عينات دم المشتركين بالدراسة، و استعملت تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل PCR لتضخيم منطقتين ضمن الجين و هي (exon2-intron2-exon3) و (6 exon) و حدد تسلسل القواعد النتروجينية لهذه المناطق لعدد من العينات و لوحظ ظهور أربع تباينات فردية متعددة الأشكال للنيوكليوتيدة (SNP) في أربع عينات لمرضى التوحد (الأول ضمن المنطقة المشفرة 2 exon و اثنان ضمن المنطقة الغير مشفرة 1 intron و الأخير في المنطقة الغير مشفرة 3 intron) في حين لم يلاحظ وجود أي تباين من نوع SNP ضمن هذه المناطق في أربع عينات لمرضى التوحد و ثلاث عينات من مجموعة السيطرة.
أما بالنسبة للمنطقة المشفرة 6 exon، فان تتابع القواعد النتروجينية جاء مطابقا بنسبة 100 % مع قاعدة البيانات NCBI ضمن هذه المناطق و لجميع العينات التي تم تحديد التتابع لها (7 عينات مرضى توحد و 3 عينات من مجموعة السيطرة).
كشفت عملية ترجمة تسلسل القواعد النتروجينية للأحماض الأمينية المشفرة لها عن أن التباين ضمن منطقة 2 exon قد سبب حدوث تغيير في حامض اميني ضمن سلسلة الببتيد المتعدد حيث تغير الكودون (AGA) و الذي يشفر للحامض الأميني الأرجنين إلى الكودون (AAA) و الذي يشفر للحامض الأميني اللايسين.
استعمل برنامج RaptorX للتنبؤ بالتركيب الثلاثي الأبعاد لسلاسل الببتيد المترجمة من كل من المناطق المشفرة و أظهرت نتائج التنبؤ وجود 5 مواقع (% 16) غير منتظمة ضمن منطقة 2 exon و المكونة من 30 حامض أميني، بينما لم تحتوي منطقة 6 exon و المكونة من 46 حامض أميني على أي مناطق غير منتظمة ضمن التركيب الذي تم التنبؤ به لكونها خالية من التباين أو الطفرات، أما بالنسبة للمنطقة 3 exon فلكونها قصيرة السلسلة الببتيدية (22 حامض أميني) فانه يصعب الحصول على تنبؤ لتركيبها الثلاثي الأبعاد.
من خلال هذه النتائج يمكن الإشارة إلى وجود ارتباط بين التباينات و مرض التوحد و خصوصا الطفرة ضمن المنطقة المشفرة 2 exon بعد الأخذ بالاعتبار كونها سببت حدوث تغيير في تسلسل الببتيد المتعدد و بالتالي تغيير التركيب ثلاثي الأبعاد للبروتين مما قد يؤثر على وظيفته.
تم التوصل لهذه التباينات (SNPs) لأول مرة ضمن هذه الدراسة ما عدا التباين ) rs755863611) ضمن منطقة intron 3.
الملخص EN
This study was aimed to detect and identify genetic mutations in γ-aminobutyric acid receptor β3 subunit encoding gene (GABRB3) and its association with autism spectrum disorders.
Forty autistic patients and 25 non-autistic as control group (5 unaffected sibling and 20 unrelated) with age range from 3 – 10 years were included in this study.
Chromosomal DNA was extracted from blood samples followed by polymerase chain reaction (PCR) amplification of two targeted regions which include: (exon2-intron2-exon3) region and (exon 6) region of GABRB3 for subsequent DNA sequencing.
Identical bands related to the targeted regions were present in all samples.
A sample of PCR products of patients and controls were sequenced.
Sequencing results revealed the presence of four different single nucleotide polymorphism (SNPs) in four autistic patients (one SNP in exon2, two SNPs in intron 1 and one SNP in the beginning of intron 3) while four different autistic samples and three from control group had no mutations along this region.
Exon 6 showed 100 % sequence identity in all samples (seven autistic and three from control group).
The translation of nucleotides sequences into amino acid sequence revealed that the SNP in exon 2 caused a change of amino acid in the polypeptide sequence by changing the codon (AGA) which codes for arginine to (AAA) which codes for lysine.
The online software tool, RaptorX was used for the prediction of the three dimensional structure of the polypeptides in which exon 2 carrying one SNP (30 a.a.) showed that 5 (16%) positions predicted as disordered, while the structure prediction of polypeptide translated from exon 3 was not obtained due to its small length (22 a.a.).
Structure prediction of polypeptide of exon 6 (46 a.a.) showed that (0%) positions predicted as disordered, considering its lack of mutations.
These results suggest the association of the detected SNPs with autism, especially the SNP located in exon 2 considering that it changed the polypeptide three dimensional structure, thus it could possibly alter its function.
All SNPs are reported for the first time in this study except the one in intron 3 (rs755863611) which was previously reported.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Yasin, Alya Hamzah& al-Qazzaz, Abd al-Karim Abd al-Razzaq Abd al-Wahhab& Abd al-Muhsin, Haydar. 2016. Identification of genetic mutations associated with autism in GABRB3 gene in Iraqi autistic patients. Iraqi Journal of Science،Vol. 57, no. 2B, pp.1184-1191.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-688660
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Yasin, Alya Hamzah…[et al.]. Identification of genetic mutations associated with autism in GABRB3 gene in Iraqi autistic patients. Iraqi Journal of Science Vol. 57, no. 2B (2016), pp.1184-1191.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-688660
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Yasin, Alya Hamzah& al-Qazzaz, Abd al-Karim Abd al-Razzaq Abd al-Wahhab& Abd al-Muhsin, Haydar. Identification of genetic mutations associated with autism in GABRB3 gene in Iraqi autistic patients. Iraqi Journal of Science. 2016. Vol. 57, no. 2B, pp.1184-1191.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-688660
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references : p. 1191
رقم السجل
BIM-688660
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
