Aheuristic strategy for improving the performance of evolutionary based complex detection in protein-protein interaction networks
العناوين الأخرى
استراتيجية إرشادية لتحسين كشف المركبات في الشبكات البروتينية التفاعلية و المعتمد على الخوارزمية التطورية
المؤلفون المشاركون
Abd Allah, Qusayy Zuhayr
Atiyyah, Bara Ali
المصدر
العدد
المجلد 57، العدد 4A (31 ديسمبر/كانون الأول 2016)، ص ص. 2513-2528، 16ص.
الناشر
تاريخ النشر
2016-12-31
دولة النشر
العراق
عدد الصفحات
16
التخصصات الرئيسية
الأحياء
تكنولوجيا المعلومات وعلم الحاسوب
الموضوعات
- النماذج الرياضية
- الخوارزميات
- شبكات الحاسوب
- الخوارزميات الإرشادية
- المحاكاة الحاسوبية
- تآثرات البروتين-بروتين
الملخص EN
One of the most interested problems that recently attracts many research investigations in Protein-protein interactions (PPI) networks is complex detection problem.
Detecting natural divisions in such complex networks is proved to be extremely NP-hard problem wherein, recently, the field of Evolutionary Algorithms (EAs) reveals positive results.
The contribution of this work is to introduce a heuristic operator, called protein-complex attraction and repulsion, which is especially tailored for the complex detection problem and to enable the EA to improve its detection ability.
The proposed heuristic operator is designed to fine-grain the structure of a complex by dividing it into two more complexes, each being distinguished with a core protein.
Then, it is possible for each of the remaining proteins associated with the original coarse-grained complex to repulse from one of the new generated complexes while attracted by the core protein of the second complex.
The topology-based complex detection models presented in the literature are adopted to inter-play with the proposed heuristic operator inside the EA general framework.
To assess the performance of the EA when coupled with the proposed heuristic operator, the well known Saccaromycaes Cerevisiae yeast PPI network and one reference set of benchmark complexes created from MIPS are used in the experiments.
The results prove the positive impact of the heuristic operator to harness the strength of almost all adopted EA models.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Abd Allah, Qusayy Zuhayr& Atiyyah, Bara Ali. 2016. Aheuristic strategy for improving the performance of evolutionary based complex detection in protein-protein interaction networks. Iraqi Journal of Science،Vol. 57, no. 4A, pp.2513-2528.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-722699
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Abd Allah, Qusayy Zuhayr& Atiyyah, Bara Ali. Aheuristic strategy for improving the performance of evolutionary based complex detection in protein-protein interaction networks. Iraqi Journal of Science Vol. 57, no. 4A (2016), pp.2513-2528.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-722699
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Abd Allah, Qusayy Zuhayr& Atiyyah, Bara Ali. Aheuristic strategy for improving the performance of evolutionary based complex detection in protein-protein interaction networks. Iraqi Journal of Science. 2016. Vol. 57, no. 4A, pp.2513-2528.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-722699
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references : p.2527-2528
رقم السجل
BIM-722699
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر