Using molecular modeling to identify zinc finger protein-DNA recognition patterns : a study of four finger proteins and dimer binding to DNA

العناوين الأخرى

استخدام التمثيل الجزيئي لتحديد أنماط تعرف بروتين أصبع الزنك على الحمض النووي : دراسة ارتباط أربعة أنماط من بروتين أصبع الزنك و البروتين الثنائي مع الحمض النووي

مقدم أطروحة جامعية

Siyam, Rima Mazin

مشرف أطروحة جامعية

Hamid, Mazin

أعضاء اللجنة

Karain, Wail
Sayyid Ahmad, Abd Allah

الجامعة

جامعة بيرزيت

الكلية

كلية العلوم

القسم الأكاديمي

دائرة الكيماء

دولة الجامعة

فلسطين (الضفة الغربية)

الدرجة العلمية

ماجستير

تاريخ الدرجة العلمية

2017

الملخص الإنجليزي

Binding of Zinc finger proteins to their DNA targets is an important process for regulating many biological processes.

In this study, four finger and dimers Znf proteins bound to their target DNA are simulated using Molecular dynamics simulations to obtain their equilibrium structures and extract important interactions determining these zinc finger proteins-DNA binding specificity.

Furthermore, binding free energies of these zinc finger proteins to their DNA targets are calculated using MM/GBSA and MM/PBSA approaches.

In particular, the multidomain zinc finger (ZnF) protein PRDM9 (PDB ID: 5EGB) and its variants L9/L24, L13, L20 bind AT, and L20 bind GC calculated binding free energies were -29.48,-31.92 , -27.83, -22.44 ,-9.97 kcal/mol, respectively.

While calculated binding free energies of dimer transcription factors PPR1 (PDB ID: 1PYI) and PUT3 (PDB ID:1ZME) to their target DNA were -7.35 and -15.79 kcal/mol.

The aforementioned calculated binding free energies showed low correlation with experimentally obtained energies (R = 0.69 and 0.59 for MM/PBSA and MM/GBSA, respectively).

التخصصات الرئيسية

الكيمياء

عدد الصفحات

131

قائمة المحتويات

• APA
• MLA
• AMA

لغة النص

الإنجليزية

نوع البيانات

رسائل جامعية

رقم السجل

BIM-779853