THz frequency spectrum of BLIP protein-water interaction energy

العناوين الأخرى

الطيف الترددي في مدى التيراهيرتز للطاقة التفاعلية بين بروتين BLIP و الماء المحيط به

مقدم أطروحة جامعية

Abu Lubdah, Khadijah Musa

مشرف أطروحة جامعية

Karain, Wail

الجامعة

جامعة بيرزيت

الكلية

كلية العلوم

القسم الأكاديمي

دائرة الفيزياء

دولة الجامعة

فلسطين (الضفة الغربية)

الدرجة العلمية

ماجستير

تاريخ الدرجة العلمية

2018

الملخص الإنجليزي

The vibration spectrum of water hydrogen bonds and the large amplitude motion modes of proteins can be characterized by the THz frequency spectrum of protein-water non-bonded interaction energy.

This spectrum can be computed using recurrence plots based on Wiener-Khinchin method (RPWK).

In this thesis, THz frequency spectra for non-bonded interaction energy between all residues in the β-Lactamase Inhibitory Protein (BLIP), and water molecules within 10 angstroms are calculated at 150K and 310K temperatures, respectively.

The results obtained are also compared to those determined using the auto-covariance based Wiener-Khinchin method (WK).

Moreover all residues are grouped together according to their sidechain physico-chemical properties to compare their spectra.

We found that RPWK method robustly detects frequency data points for residues especially at high frequencies.

We also found that most of detected are hydrophilic which consistent with their likely high contact with the solvent.

التخصصات الرئيسية

الفيزياء

الموضوعات

• الاهتزازات
• بيتا لاكتاماز
• المثبطات

عدد الصفحات

43

قائمة المحتويات

• APA
• MLA
• AMA

لغة النص

الإنجليزية

نوع البيانات

رسائل جامعية

رقم السجل

BIM-837060