![](/images/graphics-bg.png)
Using Growing Self-Organising Maps to Improve the Binning Process in Environmental Whole-Genome Shotgun Sequencing
المؤلفون المشاركون
Chan, Chon-Kit Kenneth
Hsu, Arthur L.
Tang, Sen-Lin
Halgamuge, Saman K.
المصدر
العدد
المجلد 2008، العدد 2008 (31 ديسمبر/كانون الأول 2008)، ص ص. 1-10، 10ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2007-11-21
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
10
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Metagenomic projects using whole-genome shotgun (WGS) sequencing produces many unassembled DNA sequences and small contigs.
The step of clustering these sequences, based on biological and molecular features, is called binning.
A reported strategy for binning that combines oligonucleotide frequency and self-organising maps (SOM) shows high potential.
We improve this strategy by identifying suitable training features, implementing a better clustering algorithm, and defining quantitative measures for assessing results.
We investigated the suitability of each of di-, tri-, tetra-, and pentanucleotide frequencies.
The results show that dinucleotide frequency is not a sufficiently strong signature for binning 10 kb long DNA sequences, compared to the other three.
Furthermore, we observed that increased order of oligonucleotide frequency may deteriorate the assignment result in some cases, which indicates the possible existence of optimal species-specific oligonucleotide frequency.
We replaced SOM with growing self-organising map (GSOM) where comparable results are obtained while gaining 7%–15% speed improvement.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Chan, Chon-Kit Kenneth& Hsu, Arthur L.& Tang, Sen-Lin& Halgamuge, Saman K.. 2007. Using Growing Self-Organising Maps to Improve the Binning Process in Environmental Whole-Genome Shotgun Sequencing. BioMed Research International،Vol. 2008, no. 2008, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-987773
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Chan, Chon-Kit Kenneth…[et al.]. Using Growing Self-Organising Maps to Improve the Binning Process in Environmental Whole-Genome Shotgun Sequencing. BioMed Research International No. 2008 (2008), pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-987773
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Chan, Chon-Kit Kenneth& Hsu, Arthur L.& Tang, Sen-Lin& Halgamuge, Saman K.. Using Growing Self-Organising Maps to Improve the Binning Process in Environmental Whole-Genome Shotgun Sequencing. BioMed Research International. 2007. Vol. 2008, no. 2008, pp.1-10.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-987773
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-987773
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
![](/images/ebook-kashef.png)
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر
![](/images/kashef-image.png)