A Comprehensive Bioinformatics Analysis of the Nudix Superfamily in Arabidopsis thaliana
المؤلفون المشاركون
Gayler, K. R.
Gunawardana, D.
Likić, Vladimir A.
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2009، العدد 2009 (31 ديسمبر/كانون الأول 2009)، ص ص. 1-13، 13ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2009-05-14
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
13
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Nudix enzymes are a superfamily with a conserved common reaction mechanism that provides the capacity for the hydrolysis of a broad spectrum of metabolites.
We used hidden Markov models based on Nudix sequences from the PFAM and PROSITE databases to identify Nudix hydrolases encoded by the Arabidopsis genome.
25 Nudix hydrolases were identified and classified into 11 individual families by pairwise sequence alignments.
Intron phases were strikingly conserved in each family.
Phylogenetic analysis showed that all multimember families formed monophyletic clusters.
Conserved familial sequence motifs were identified with the MEME motif analysis algorithm.
One motif (motif 4) was found in three diverse families.
All proteins containing motif 4 demonstrated a degree of preference for substrates containing an ADP moiety.
We conclude that HMM model-based genome scanning and MEME motif analysis, respectively, can significantly improve the identification and assignment of function of new members of this mechanistically-diverse protein superfamily.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Gunawardana, D.& Likić, Vladimir A.& Gayler, K. R.. 2009. A Comprehensive Bioinformatics Analysis of the Nudix Superfamily in Arabidopsis thaliana. International Journal of Genomics،Vol. 2009, no. 2009, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-988532
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Gunawardana, D.…[et al.]. A Comprehensive Bioinformatics Analysis of the Nudix Superfamily in Arabidopsis thaliana. International Journal of Genomics No. 2009 (2009), pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-988532
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Gunawardana, D.& Likić, Vladimir A.& Gayler, K. R.. A Comprehensive Bioinformatics Analysis of the Nudix Superfamily in Arabidopsis thaliana. International Journal of Genomics. 2009. Vol. 2009, no. 2009, pp.1-13.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-988532
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-988532
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر