Analysis of Codon Usage Patterns in Toxic Dinoflagellate Alexandrium tamarense through Expressed Sequence Tag Data
المؤلفون المشاركون
Lin, Chorng-Horng
Wong, Tit-Yee
Hsiao, Yi-Yuong
Liu, Jong-Kang
Kuo, Jimmy
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2010، العدد 2010 (31 ديسمبر/كانون الأول 2010)، ص ص. 1-9، 9ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2010-10-05
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
9
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
We have analyzed synonymous codon usage in the genome of A.
tamarense CCMP 1598 for protein-coding sequences from 10865 expressed sequence tags (ESTs).
We reconstructed a total of 4284 unigenes, including 74 ribosomal protein and 40 plastid-related genes, from ESTs using FrameDP, an open reading frame (ORF) prediction program.
Correspondence analysis of A.
tamarense genes based on codon usage showed that the GC content at the third base of synonymous codons (GC3s) was strongly correlated with the first axis (r=0.93 with P<.001).
On the other hand, the second axis discriminated between presumed highly and low expressed genes, with expression levels being confirmed by the analysis of EST frequencies (r=−0.89 with P<.001).
Our results suggest that mutational bias is the major factor in shaping codon usage in A.
tamarense genome, but other factors, namely, translational selection, hydropathy, and aromaticity, also appear to influence the selection of codon usage in this species.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Hsiao, Yi-Yuong& Lin, Chorng-Horng& Liu, Jong-Kang& Wong, Tit-Yee& Kuo, Jimmy. 2010. Analysis of Codon Usage Patterns in Toxic Dinoflagellate Alexandrium tamarense through Expressed Sequence Tag Data. International Journal of Genomics،Vol. 2010, no. 2010, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-989226
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Hsiao, Yi-Yuong…[et al.]. Analysis of Codon Usage Patterns in Toxic Dinoflagellate Alexandrium tamarense through Expressed Sequence Tag Data. International Journal of Genomics No. 2010 (2010), pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-989226
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Hsiao, Yi-Yuong& Lin, Chorng-Horng& Liu, Jong-Kang& Wong, Tit-Yee& Kuo, Jimmy. Analysis of Codon Usage Patterns in Toxic Dinoflagellate Alexandrium tamarense through Expressed Sequence Tag Data. International Journal of Genomics. 2010. Vol. 2010, no. 2010, pp.1-9.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-989226
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-989226
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر