Applications of Different Weighting Schemes to Improve Pathway-Based Analysis
المؤلفون المشاركون
Ha, Sook S.
Xuan, Jianhua
Kim, Inyoung
Wang, Yue Joseph
المصدر
International Journal of Genomics
العدد
المجلد 2011، العدد 2011 (31 ديسمبر/كانون الأول 2011)، ص ص. 1-15، 15ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2011-04-06
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
15
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Conventionally, pathway-based analysis assumes that genes in a pathway equally contribute to a biological function, thus assigning uniform weight to genes.
However, this assumption has been proved incorrect, and applying uniform weight in the pathway analysis may not be an appropriate approach for the tasks like molecular classification of diseases, as genes in a functional group may have different predicting power.
Hence, we propose to use different weights to genes in pathway-based analysis and devise four weighting schemes.
We applied them in two existing pathway analysis methods using both real and simulated gene expression data for pathways.
Among all schemes, random weighting scheme, which generates random weights and selects optimal weights minimizing an objective function, performs best in terms of P value or error rate reduction.
Weighting changes pathway scoring and brings up some new significant pathways, leading to the detection of disease-related genes that are missed under uniform weight.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Ha, Sook S.& Kim, Inyoung& Wang, Yue Joseph& Xuan, Jianhua. 2011. Applications of Different Weighting Schemes to Improve Pathway-Based Analysis. International Journal of Genomics،Vol. 2011, no. 2011, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-990483
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Ha, Sook S.…[et al.]. Applications of Different Weighting Schemes to Improve Pathway-Based Analysis. International Journal of Genomics No. 2011 (2011), pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-990483
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Ha, Sook S.& Kim, Inyoung& Wang, Yue Joseph& Xuan, Jianhua. Applications of Different Weighting Schemes to Improve Pathway-Based Analysis. International Journal of Genomics. 2011. Vol. 2011, no. 2011, pp.1-15.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-990483
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-990483
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر