Inference of Tumor Phylogenies from Genomic Assays on Heterogeneous Samples
المؤلفون المشاركون
Shackney, Stanley
Schwartz, Russell
Subramanian, Ayshwarya
المصدر
العدد
المجلد 2012، العدد 2012 (31 ديسمبر/كانون الأول 2012)، ص ص. 1-16، 16ص.
الناشر
Hindawi Publishing Corporation
تاريخ النشر
2012-05-13
دولة النشر
مصر
عدد الصفحات
16
التخصصات الرئيسية
الملخص EN
Tumorigenesis can in principle result from many combinations of mutations, but only a few roughly equivalent sequences of mutations, or “progression pathways,” seem to account for most human tumors.
Phylogenetics provides a promising way to identify common progression pathways and markers of those pathways.
This approach, however, can be confounded by the high heterogeneity within and between tumors, which makes it difficult to identify conserved progression stages or organize them into robust progression pathways.
To tackle this problem, we previously developed methods for inferring progression stages from heterogeneous tumor profiles through computational unmixing.
In this paper, we develop a novel pipeline for building trees of tumor evolution from the unmixed tumor data.
The pipeline implements a statistical approach for identifying robust progression markers from unmixed tumor data and calling those markers in inferred cell states.
The result is a set of phylogenetic characters and their assignments in progression states to which we apply maximum parsimony phylogenetic inference to infer tumor progression pathways.
We demonstrate the full pipeline on simulated and real comparative genomic hybridization (CGH) data, validating its effectiveness and making novel predictions of major progression pathways and ancestral cell states in breast cancers.
نمط استشهاد جمعية علماء النفس الأمريكية (APA)
Subramanian, Ayshwarya& Shackney, Stanley& Schwartz, Russell. 2012. Inference of Tumor Phylogenies from Genomic Assays on Heterogeneous Samples. BioMed Research International،Vol. 2012, no. 2012, pp.1-16.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-991902
نمط استشهاد الجمعية الأمريكية للغات الحديثة (MLA)
Subramanian, Ayshwarya…[et al.]. Inference of Tumor Phylogenies from Genomic Assays on Heterogeneous Samples. BioMed Research International No. 2012 (2012), pp.1-16.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-991902
نمط استشهاد الجمعية الطبية الأمريكية (AMA)
Subramanian, Ayshwarya& Shackney, Stanley& Schwartz, Russell. Inference of Tumor Phylogenies from Genomic Assays on Heterogeneous Samples. BioMed Research International. 2012. Vol. 2012, no. 2012, pp.1-16.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-991902
نوع البيانات
مقالات
لغة النص
الإنجليزية
الملاحظات
Includes bibliographical references
رقم السجل
BIM-991902
قاعدة معامل التأثير والاستشهادات المرجعية العربي "ارسيف Arcif"
أضخم قاعدة بيانات عربية للاستشهادات المرجعية للمجلات العلمية المحكمة الصادرة في العالم العربي
تقوم هذه الخدمة بالتحقق من التشابه أو الانتحال في الأبحاث والمقالات العلمية والأطروحات الجامعية والكتب والأبحاث باللغة العربية، وتحديد درجة التشابه أو أصالة الأعمال البحثية وحماية ملكيتها الفكرية. تعرف اكثر