Molecular analysis of ompA gene pasteurella multocida Indonesia local isolates
Other Title(s)
التحليل الجزيئي لجين Ompa للعزلات المحلية لجرثومة Pasteurella Multocida في إندونيسيا
Joint Authors
Suwarno, Suwarno
Tyasningsih, Wiuwki
Estoepangestie, A. T. Soelih
Dewi, A.
Handijatno, D.
Ernawati, R.
Source
Iraqi Journal of Veterinary Sciences
Issue
Vol. 35, Issue 2 (30 Apr. 2021), pp.211-216, 6 p.
Publisher
University of Mosul College of Veterinary Medicine
Publication Date
2021-04-30
Country of Publication
Iraq
No. of Pages
6
Main Subjects
Topics
Abstract AR
الهدف من هذا البحث هو التحليل الجزيئي لجين ompA لجرثومة Pasteurella multocida المعزولة من الجاموس والابقار في نوسا تي نغارا تيمور، إندونيسيا وسلالة كاثا المعزولة من لقاح تسمم الدم النزفي.
تم تضخيم العزلة المحلية لجرثومة P.
multocida المحددة بواسطة تفاعل البلمرة المتسلسل ثم أجري تسلسل القواعد النيتروجينية لجين ompA.
وأظهرت نتائج التضخيم للقطعة المراد تضخيمها و دراستها بوزن جزيئي 559 زوج قاعدي في جميع العزلات.
تراوحت نتائج تحليل التشابهه لتسلسل 13 عزلة من العزلات مع تسلسل العزلات المثبتة في بنك الجينات و بمدى 93- 100٪، و تحليل شجرة المظهرية الجينية لعزلات الجاموس كانت ذات علاقة وثيقة مع عزلات كاثا و إيران و الهند و الصين.
في حين كانت عزلات الابقار بعيدة كل البعد عن عزلات الجاموس و كاثا.
تم مقارنة تسلسل القواعد النيتروجينية النيوكليوتيدات مع الأحماض الأمينية ثم عن طريق طريقة كولاسكار وتونغونكار المستضدية المتوقعة في مستضدات P.
multocida.
تم العثور على تنبؤات الخلية B من العزل المحلية وسلالة كاثا في خمس الببتيدات QVSPVFAG، IPELALRVEYQ، GQSVYVPEVVSKT، LKSASVAVAG و ANYLVAKG.
Abstract EN
The aim of this research was to analyze ompA molecular gene of Pasteurella multocida buffalo isolate and bovine isolate from Nusa Tenggara Timur, Indonesia and Katha strain isolate from hemorrhagic septicemia vaccine.
Determinant of P.
multocida local isolates ompA gene amplification sequencing PCR then conducted to see the sequence of nucleotide sequences of ompA gene.
The results of PCR amplification showed an amplicon of 559 bp of all isolates.
The homology analysis result of the isolates ranged from 93 - 100% with 13 P.
multocida isolates from GenBank, and phylogenetic tree analysis shows that buffalo isolate was closely related to Katha strain, Iran, India and China isolate.
Whereas bovine isolate far enough with buffalo and Katha strain isolate.
Nucleotide sequences were compared to amino acids then by the method of Kolaskar and Tongaonkar antigenicity predicted antigens in P.
multocida.
B cell epitope predictions from local isolates and Katha strain were found in five peptides QVSPVFAG, IPELALRVEYQ, GQSVYVPEVVSKT, LKSASVAVAG, and ANYLVAKG.
American Psychological Association (APA)
Dewi, A.& Estoepangestie, A. T. Soelih& Suwarno, Suwarno& Handijatno, D.& Ernawati, R.& Tyasningsih, Wiuwki. 2021. Molecular analysis of ompA gene pasteurella multocida Indonesia local isolates. Iraqi Journal of Veterinary Sciences،Vol. 35, no. 2, pp.211-216.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1256799
Modern Language Association (MLA)
Dewi, A.…[et al.]. Molecular analysis of ompA gene pasteurella multocida Indonesia local isolates. Iraqi Journal of Veterinary Sciences Vol. 35, no. 2 (2021), pp.211-216.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1256799
American Medical Association (AMA)
Dewi, A.& Estoepangestie, A. T. Soelih& Suwarno, Suwarno& Handijatno, D.& Ernawati, R.& Tyasningsih, Wiuwki. Molecular analysis of ompA gene pasteurella multocida Indonesia local isolates. Iraqi Journal of Veterinary Sciences. 2021. Vol. 35, no. 2, pp.211-216.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1256799
Data Type
Journal Articles
Language
English
Notes
Includes bibliographical references : p. 215
Record ID
BIM-1256799