Identification of potential natural bioactive compounds from Glycyrrhiza Glabra as Sars-CoV-2 main protease (MPRO) inhibitors : in-silico approach
Other Title(s)
تحديد المركبات الطبيعية النشطة بيولوجيا من نبات Glycyrrhiza glabra كمثبطات للبروتييز الرئيسي لسارس كوفيد-2 باستخدام النهج In-silico
Joint Authors
Bin Handar, Ghazalah Muhammad
Abd al-Salam, Ashraf Ahmad Ali
Source
Al-Mukhtar Journal of Sciences
Issue
Vol. 37, Issue 2 (30 Jun. 2022), pp.150-161, 12 p.
Publisher
Publication Date
2022-06-30
Country of Publication
Libya
No. of Pages
12
Main Subjects
Abstract AR
تسبب فيروس سارس-كورونا -2 في انتشار جائحة كوفيد -19 و تم الاعلان عنها في بداية سنة 2020 مما تسبب في حالة طوارئ صحية عالمية، حتى الآن، لا توجد أدوية أو لقاحات متاحة و معتمدة، و هناك حاجة ملحة لاستكشاف و تطوير علاجات جديدة فعالة ضد فيروس كورونا المستجد.
بالإضافة إلى ذلك، يعتبر البروتياز الرئيسي لفيروس كورونا المستجد ضروريا انتشار تكاثر الفيروس و يعتبر هدفا لاكتشاف الدواء.
لذلك، تعتبر المركبات المشتقة من النباتات مصدرا مهما و قيما للأدوية الجديدة.
تشير هذه الدراسة إلى فحص افتراضي قائم على الإرساء الجزيئي ل 20 مركبا تم تحديدها من نبات Glycyrrhiza glabra للبحث عن مركبات قوية ضد البروتييز الرئيسي، أظهرت نتائج الفحص أن المركبات المحددة Semilicoisoflavone B و Licoflavone B و Licocoumarin A أظهرت طاقة ترابط منخفضة كانت 10.91 و10.29- و 10.21- كيلو كالوري / مول لـ AutoDock 4.2 و 9.81 و 9.77- و9.60- كيلو كالوري / مول، ل AutoDock Vina على التوالي.
كانت النتائج التي تم الحصول عليها من أقل طاقة ترابط في هذه الدراسة أفضل من المركب المرتبط بالبروتينN3 و الذي كان طاقته 7.4- كيلو كالوري / مول.
أظهرت المركبات الثلاثة المحتملة تفاعلات مختلفة و مستقرة مع الأحماض الأمينية الأساسية، و خاصة الصباغ التحفيزي (سيستين 145، هستادين 41) في جيب الربط للبروتييز الرئيسي، في الختام، تم تحديد ثلاثة مثبطات محتملة بنجاح من نبات Glycyrrhiza glabra باستخدام الالتحام الجزيئي و الفحص الافتراضي ؛ امتثلت هذه المركبات لقاعدة لبنسكي 5 مع انتهاك بسيط وأظهرت انخفاض في طاقة الترابط و تفاعلات جيدة مع البروتييز الرئيسي.
قد تكون هذه المركبات المحددة بمثابة مؤشرات محتملة تساعد في تطوير عوامل علاجية ضد فيروس كورونا المستجد.
يوصى بإجراء مزيد من البحث (في المختبر و في الجسم الحي) للتحقق من النتائج المذكورة أعلاه.
Abstract EN
The SARS-CoV-2 virus caused the COVID-19 pandemic declared in early 2020, generating a global health emergency.
So far, no approved drugs or vaccines are available.
Therefore, there is an urgent need to explore and develop effective new therapeutics against SARS-CoV-2.
In addition, the main protease (Mpro) of the SARS-CoV-2 virus is considered essential in the virus replication propagation and considered a drug discovery target.
Conse-quently, plant-derived compounds are an important and valuable source for novel drugs.
This study reports molecular docking-based virtual screening (VS) of 20 compounds identified from Glycyrrhiza glabra to search for potent compounds against 3CL proteases (3CLpro).
The screening results revealed that the identified compounds Semilicoisoflavone B, Licoflavone B, and Licocoumarin A exhibited low free energy of binding (FEB) values of 10.91, −10.29, and −10.21 kcal/mole for Autodock 4.2 and −9.81, −9.77, and −9.60 kcal/mole, for Auto-DockVina, respectively.
The obtained results of FEB in this study were better than the coordi-nated ligand N3, which was -7.4 kcal/mole.
The three potential compounds showed different and stable interactions with the essential amino acids, especially the catalytic dyad (Cys145-His41) in the binding pocket of the 3CLpro.
Three potential inhibitors were successfully iden-tified from Glycyrrhiza glabra using molecular docking and virtual screening; these com-pounds obeyed the Lipinski rule of 5 with a little violation and showed low FEB and good in-teractions with the 3CLpro.
These identified compounds may serve as potential leads that help in developing therapeutic agents against the SARS-CoV-2.
Further research is recommended (in vitro and in vivo) to verify the above findings.
American Psychological Association (APA)
Abd al-Salam, Ashraf Ahmad Ali& Bin Handar, Ghazalah Muhammad. 2022. Identification of potential natural bioactive compounds from Glycyrrhiza Glabra as Sars-CoV-2 main protease (MPRO) inhibitors : in-silico approach. Al-Mukhtar Journal of Sciences،Vol. 37, no. 2, pp.150-161.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1492078
Modern Language Association (MLA)
Abd al-Salam, Ashraf Ahmad Ali& Bin Handar, Ghazalah Muhammad. Identification of potential natural bioactive compounds from Glycyrrhiza Glabra as Sars-CoV-2 main protease (MPRO) inhibitors : in-silico approach. Al-Mukhtar Journal of Sciences Vol. 37, no. 2 (2022), pp.150-161.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1492078
American Medical Association (AMA)
Abd al-Salam, Ashraf Ahmad Ali& Bin Handar, Ghazalah Muhammad. Identification of potential natural bioactive compounds from Glycyrrhiza Glabra as Sars-CoV-2 main protease (MPRO) inhibitors : in-silico approach. Al-Mukhtar Journal of Sciences. 2022. Vol. 37, no. 2, pp.150-161.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1492078
Data Type
Journal Articles
Language
English
Notes
Includes bibliographical references : p. 158-160
Record ID
BIM-1492078