Phylogenetic tree constructed of salmonella enterica subspecies enterica isolated from animals and humans in Basrah and Baghdad governorates, Iraq
Other Title(s)
الشجرة العرقية لسلالات السالمونيلا المعوية للنوع التحت المعوي المعزولة من الإنسان و الحيوان في محافظتي البصرة و بغداد، العراق
Joint Authors
Sadiq, Maytham Sabah
Uthman, Rasha Mundhir
Source
Iraqi Journal of Veterinary Sciences
Issue
Vol. 36, Issue 4 (31 Dec. 2022), pp.895-903, 9 p.
Publisher
University of Mosul College of Veterinary Medicine
Publication Date
2022-12-31
Country of Publication
Iraq
No. of Pages
9
Main Subjects
Sports sciences and physical education
Abstract AR
تعد القرابة الوراثية للأنماط المصلية للسالمونيلا المعوية للنوع التحت المعوي المعزولة من الإنسان و الحيوان ذات أهمية لان معلوماتها توفر دليلا مهما لتحديد مصدر العدوى البشرية.
لذا هدفت الدراسة الحالية إلى تحديد العلاقة الوراثية للسالمونيلا المعوية تحت النوع المعوي المعزولة من الإنسان و الحيوان.
جمعت 300 عينة من مصدرين رئيسيين بشري و حيواني في محافظتي البصرة و بغداد.
لبناء الشجرة الوراثية لجراثيم السالمونيلا المعوية تحت النوع المعوي تم تحليل نتائج تحديد التتابعات الجينات 16r RNA spvC و avrA باستخدام تحليل بلاست لمطابقة النتائج مع البنك الجيني العالمي و لمعرفة نسبة التشابه و الاختلاف بين السلالات العراقية و العالمية، تبين أن معدل التشابه في الجين الأول 97.77% و الجين الثاني 98,29% و الثالث 96,82% على التوالي.
تم إنشاء الشجرات الوراثية لكل جين من الجينات الثلاث على حدي باستخدام طريقتين الأولى : الإمكانية الأكثر للتشابه و الثانية اقل تطور موجود مع إضافة مجموعة من السلالات الأجنبية المسجلة في البنك الجيني العالمي لمعرفة موقع السلالة العراقية منها، و تم إيجاد ترابط بين السالمونيلا العراقية و العالمية في الجين الأول 16sr RNA و لكن أظهرت النتائج اختلاف في تسلسل بعض قواعد لجيني avrA و spvC، إن التشابه الكبير بين تسلسل قواعد 16sr RNA مع السلالات الأجنبية و هذا يقودنا للاستنتاج بأن السالمونيلا العراقية تميزت بمسارها الخاص في تطوير سلالات عالمية مع بعض الارتباط في بعض العينات أو وجود صلة مع نفس الأجداد التي نهضت منه السالمونيلا المشخصة في العراق.
Abstract EN
The genetic relatedness of Salmonella enterica sub sp.
enterica isolated from human and animal origin has more interest as its data possibly will offer an essential confirmation for the source of human infection.
This study aimed to determine the genetic relationship of S.
enterica subspecies enterica isolated from human and animal sources.
A total of 300 samples were collected from two primary sources, human and animal, from two different regions, Baghdad and Basrah governorates.
For constructing the phylogenetic Tree of Salmonella enterica subspecies enterica, the sequencing of PCR product (positive samples) for each target genes 16s rRNA, avrA, and spvC were analyzed using BLAST analysis to determine the similarities and differences between the Iraqi strains and the existing global strains.
The similarity rate in the first gene 97.77%, the second gene 98.29%, and the third 96.82%, respectively.
The genetic Tree of each of the three genes was set up separately using two methods, Maximum Likelihood, and the second Minimum evolution.
The phylogenetic analysis reveals that Iraqi strains of Salmonella are highly similar, and they share the same sequence of 16s rRNA gene with national Salmonella strains.
However, their bases of avrA and spvC genes are not similar.
This difference leads us to conclude that the Iraqi Salmonella evolution path was characterized by its path in developing global strains with some correlation in some samples; it may be linked with the same ancestors from which it emerged.
American Psychological Association (APA)
Sadiq, Maytham Sabah& Uthman, Rasha Mundhir. 2022. Phylogenetic tree constructed of salmonella enterica subspecies enterica isolated from animals and humans in Basrah and Baghdad governorates, Iraq. Iraqi Journal of Veterinary Sciences،Vol. 36, no. 4, pp.895-903.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1532684
Modern Language Association (MLA)
Sadiq, Maytham Sabah& Uthman, Rasha Mundhir. Phylogenetic tree constructed of salmonella enterica subspecies enterica isolated from animals and humans in Basrah and Baghdad governorates, Iraq. Iraqi Journal of Veterinary Sciences Vol. 36, no. 4 (2022), pp.895-903.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1532684
American Medical Association (AMA)
Sadiq, Maytham Sabah& Uthman, Rasha Mundhir. Phylogenetic tree constructed of salmonella enterica subspecies enterica isolated from animals and humans in Basrah and Baghdad governorates, Iraq. Iraqi Journal of Veterinary Sciences. 2022. Vol. 36, no. 4, pp.895-903.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-1532684
Data Type
Journal Articles
Language
English
Notes
Includes bibliographical references : p. 901-903
Record ID
BIM-1532684