In Silico design of novel anticoagulant peptides targeting blood coagulation factor VIIa
Other Title(s)
تصميم سيليكوني لمضاد التخثر ببتيدي جديد في استهداف عامل تخثر الدم(VIIa)
Joint Authors
al-Amiri, Manal S. Q.
al-Rasadi, Khalid
Bayyumi, Rida
Banerjee, Yajnavalka
Source
Sultan Qaboos University Medical Journal
Issue
Vol. 11, Issue 1 (28 Feb. 2011), pp.83-94, 12 p.
Publisher
Sultan Qaboos University College of Medicine and Health Sciences
Publication Date
2011-02-28
Country of Publication
Oman
No. of Pages
12
Main Subjects
Topics
Abstract AR
الهدف : يبدأ التخثر المتعاقب عند حدوث إصابة في الأوعية الدموية لمنع النزف، غير أن حصول التخثر غير المرغوب فيه يكون مضرا و يستوجب استخدام مانعات التخثر للوقاية و العلاج.
نفضل مانعات التخثر التي تعمل على تعطيل خطوة محددة أو إنزيم معين في عملية التخثر أكثر من غيرها لأنها تقلل حدوث الأعراض الجانبية.
الخطوة الرئيسية لاكتشاف مانع التخثر الجديد يشمل تصميما حسب طريقة (In Silico).
هذه الدراسة تبين أهمية بيبتايد مانعات التخثر حس طريقة (In Silico) ضد عامل التخثر (VIIa).
الطريقة : باستخدام قاعدة (Proline bracket) و أيضا توظيف المعلومات الحيوية مثل أداة بحث الرصف الأساسي العائد للمركز القومي للمعلومات الحيوية التقنية و نموذج (Tco_ee) المقدم من قبل مختبر علم الأحياء الجزيئية الأوروبي-معهد المعلوممات الحيوية الأوروبي و نماذج أخرى عديدة، قمنا بتصميم خمسة مانعات للتخثر ثنائية التكافؤ تستهدف عامل التخثر (VIIa)، باستخدام مثبطات ضد العامل (VIIa) و هي هيماكسيتين (أ) من سم الكوبرا الأفريقية و بيبتايد مثبط للعامل (VIIa) كقوالب.
تم اشتقاق ستة بيتايدات من هيماكسيتين (أ) التي ربطت مع بيباتيد مثبط للعامل (VIIa) المتداخلة مع مساحات للبولي الأنين، و حللت بواسطة برنامج النموذج السويسري المطور في المعهد السويسري منها أظهرت الاستقرار الهيكلي.
الخلاصة : إن البيبتايدات الخمسة التي تم الحصول عليها في هذه الدراسة كمانعات للتخثر ربما تؤدي إلى تخثر الدم، و لا بد من إجراء المزيد من الدراسات المختبرية و القياسات في الجسم الحي.
أعطيت هذه الدراسة تصورا عن كيفية استخدام النماذج البسيطة على الشبكة في التصميم المنطقي للأدلة المحتملة لاستهداف الجزيئيات الفسيولوجية المحددة.
Abstract EN
Objectives: The coagulation cascade initiated during vascular injury prevents bleeding.
Unwanted clot formation is however detrimental and requires the use of anticoagulants for prophylaxis and treatment.
Anticoagulants targeting a specific step or an enzyme in the clotting process are most preferred as they minimise disadvantageous side-effects.
A principal step in the discovery of novel anticoagulants encompasses the in silico design of potential leads.
This study depicts the in silico design of peptide anticoagulants targeting coagulation factor VIIa.
Methods: Applying the proline bracket rule and using various bioinformatics tools: the basic alignment search tool (BLAST) of National Center for Biotechnology Information; the T-coffee module provided by European Molecular Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute, and several modules available on the ExPASy server, we designed five bivalent chimeric anticoagulants targeting factor VIIa, using factor VIIa inhibitors – hemextin A from Hemachatus haemachatus (African Ringhals cobra) venom and factor VIIa exosite-inhibitor peptide as templates.
Six peptides were derived from hemextin A, which were concomitantly fused with factor VIIa exosite-inhibitor peptide intermediated by a polyalanine spacer, and analysed for structural stability using the SWISS-MODEL software developed at the Swiss Institute of Bioinformatics and WebLab ViewerPro (Version 4.2).
Results: Twelve chimeric peptides were obtained; only five exhibited stable structures in silico.
Conclusion: The five peptides obtained are probable anticoagulant leads that should be further evaluated using suitable in vitro and in vivo assays.
Further, this study shows how simple web-based modules can be used for the rational design of probable leads targeting specific physiological molecular targets.
American Psychological Association (APA)
al-Amiri, Manal S. Q.& al-Rasadi, Khalid& Bayyumi, Rida& Banerjee, Yajnavalka. 2011. In Silico design of novel anticoagulant peptides targeting blood coagulation factor VIIa. Sultan Qaboos University Medical Journal،Vol. 11, no. 1, pp.83-94.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-268532
Modern Language Association (MLA)
al-Amiri, Manal S. Q.…[et al.]. In Silico design of novel anticoagulant peptides targeting blood coagulation factor VIIa. Sultan Qaboos University Medical Journal Vol. 11, no. 1 (Feb. 2011), pp.83-94.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-268532
American Medical Association (AMA)
al-Amiri, Manal S. Q.& al-Rasadi, Khalid& Bayyumi, Rida& Banerjee, Yajnavalka. In Silico design of novel anticoagulant peptides targeting blood coagulation factor VIIa. Sultan Qaboos University Medical Journal. 2011. Vol. 11, no. 1, pp.83-94.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-268532
Data Type
Journal Articles
Language
English
Notes
Includes bibliographical references : p. 92-94
Record ID
BIM-268532