Genetic variations of two Egyptian goat breeds using microsatellite markers

Other Title(s)

الإختلافات الوراثية لسلالتين من الماعز باستخدام التوابع الوراثية الدقيقة

Joint Authors

al-Khuli, Ahmad Farid
Samidah, Rasha Muhammad
Hasanayn, Muhammad Sabir
Abd al-Rahman, Ali Rabi

Source

Egyptian Journal of Animal Production

Issue

Vol. 47, Issue 2 (30 Jun. 2010), pp.93-105, 13 p.

Publisher

Egyptian Society of Animal Production

Publication Date

2010-06-30

Country of Publication

Egypt

No. of Pages

13

Main Subjects

Veterinary Medicine

Topics

Abstract AR

تناولت هذه الدراسة تحليل التباين الوراثي لسلالتين من سلالات المعز المصرية و هما : البلدي و الزرايبى باستخدام ثلاثة من واسمات التتابعات الوراثية الدقيقة هي : (INRA005, ILSTS005, ILSTS087).

و لإجراء هذا البحث تم تجميع أربعين عينة دم من معز ليس بينها درجة قرابة 20 (عينة لكل سلالة) ثم تم عزل و تنقية المادة الوراثية (DNA) من عينات الدم التي تم جمعها.

أجري تفاعل إنزيم البلمرة المتسلسل { Polymerase Chain Reaction (PCR)} للواسمات المراد دراستها و ذلك مع بادئات تتابعات دقيقة متخصصة لكل واسم على حدة, هذا و قد تم تفريد ناتج تفاعل إنزيم البلمرة المتحصل عليه على جهاز تفريد كهربائي رأسي و على مادة البولي أكريلميد تحت ظرف denaturing و ذلك لفك الاليلين عن بعضهما في وجود مادة وراثية معلومة الطول (DNA size marker).

و بعد التفريد تم الصبغ بمادة بروميد الايثيديوم ثم التصوير بكاميرا مخصصة لذلك ثم إدخال الصور المتحصل عليها على برنامج كمبيوتر متخصص لتحليلها و تحديد أطوال الاليلات لهذه الحيوانات.

و بعد الحصول على قياسات هذه الأطوال تم جدولة النتائج و تحليلها إحصائيا باستخدام برامج FSTAT & POPGENE و هي برامج متخصصة في مجال وراثة العشائر.

أظهرت جميع واسمات التتابعات الوراثية الدقيقة التي شملتها الدراسة نتائج عالية في تعدد الأشكال المظهرية و قد أعطت أكثر من أليل حيث أعطت الواسمات الثلاث عددا من الأليلات يتراوح من 5-8.

و عليه فانه يمكن استخدام هذه الواسمات الثلاثة في اختبار معرفة الأبوية أو النسب و بالإضافة إلى ذلك يمكن استخدامها في التعرف على المواقع الجينية المرتبطة بالصفات الإنتاجية الكمية و استخدمها في برامج التربية الحديثة و التي تسمى بالانتخاب بمساعدة الواسمات الوراثية.

أظهرت النتائج أيضا أن السلالتين قيد الدراسة ليستا في حالة اتزان بين هاردي-واينبرج.

و قد أظهر اختبار عدم التجانس أن جميع القيم قد تجاوزت 0.5 و هذا يعني ارتفاع نسب الخلط، و كانت نسبة الخلط الكلية لسلالة المعز البلدي 0.917 بينما كانت 0.833 لسلالة المعز الزرايبى.

و قد أظهرت النتائج أيضا ارتفاعا ملحوظا في متوسط قيم التنوع الجيني لجميع الواسمات المستخدمة في السلالتين قيد الدراسة.

كما وجد أن قيمة محتوى معلومات تعدد المظاهر الوراثية أو ما يعرف أيضا بالتنوع الوراثي المتحصل عليها تتراوح من (0.730-0.779) و هي قيم عالية مما يثبت وجود درجة عالية من التنوع الوراثي في السلالتين.

و فيما يتعلق بنتائج التربية الداخلية (inbreeding) بين السلالتين دلت الدراسة على عدم وجود تربية داخلية بين أو داخل السلالتين تحت الدراسة.

و بالإضافة إلى ذلك وجد أن قيمة الهجرة أو التدفق الجيني في سلالتي المعز المحلية كانت عالية بمتوسط يساوي 9.1578.

و هو عالي و يدل على زيادة معدل الهجرة و الخلط بين سلالتي المعز تحت الدراسة.

أوضحت الدراسة انبثاق السلالتان من بعضها، و أنهما قد نشئوا من سلف مشترك و المسافة الوراثية بينهما هي 284 عاما.

النتائج بشكل عام هي دليل على أن سلالتي المعز تحت الدراسة و التي أثيرت في مصر تشير إلى أن هاتين السلالتين ليستا نقيان تماما حتى الآن و أن بكل سلالة درجة عالية من التنوع الوراثي يمكن استخدامها في برامج التحسين الوراثي مستقبلا.

Abstract EN

Two native Egyptian goat breeds : Baladi and Zaraibi were genetically analyzed using three microsatellite markers : INRA005 ; ILSTS005 and ILSTS087.

The results showed that all the microsatellites studied were polymorphic and gave 6, 5 and 8 alleles respectively.

The overall heterozygosity and polymorphism information content (PIC) values were 0.9 and 0.755 indicating the presence of high genetic diversity.

In the two breeds, low inbreeding rates was observed (mean FIS = -0.114) within the breeds.

Genetic differentiation between breeds was moderate with a mean FST value of (4.593).

Deviations from Hardy-Weinberg equilibrium were noted for most of the loci.

The clusters obtained on the phylogenetic tree generated from Nei’s genetic distance matrix agreed with the geographic origin of the breed.

The time of divergence in Zaraibi and Baladi breeds was estimated to be 71 generations (284 years).

The two breeds showed high degree of admixture.

The study analyzed the population structure of these two breeds and contributed to the knowledge and genetic characterization of the Egyptian native goat breeds (Baladi and Zaraibi).

In addition, the microsatellites recommended by ISAG proved to be useful for the biodiversity studies in Egyptian goat breeds.

Due to the polymorphism observed, the three microsatellites studied could be fruitfully used in paternity tests.

Moreover, they could be employed for further researches on mapping quantitative trait loci (QTL) detection and subsequently marker assisted selection (MAS) breeding programs.

American Psychological Association (APA)

Hasanayn, Muhammad Sabir& al-Khuli, Ahmad Farid& Abd al-Rahman, Ali Rabi& Samidah, Rasha Muhammad. 2010. Genetic variations of two Egyptian goat breeds using microsatellite markers. Egyptian Journal of Animal Production،Vol. 47, no. 2, pp.93-105.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-346454

Modern Language Association (MLA)

Hasanayn, Muhammad Sabir…[et al.]. Genetic variations of two Egyptian goat breeds using microsatellite markers. Egyptian Journal of Animal Production Vol. 47, no. 2 (2010), pp.93-105.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-346454

American Medical Association (AMA)

Hasanayn, Muhammad Sabir& al-Khuli, Ahmad Farid& Abd al-Rahman, Ali Rabi& Samidah, Rasha Muhammad. Genetic variations of two Egyptian goat breeds using microsatellite markers. Egyptian Journal of Animal Production. 2010. Vol. 47, no. 2, pp.93-105.
https://search.emarefa.net/detail/BIM-346454

Data Type

Journal Articles

Language

English

Notes

Includes bibliographical references : p. 101-103

Record ID

BIM-346454